(一)定性分析
薄层色谱的定性依据主要是根据待测组分的Rf值和纯品的Rf值对照定性。将待测物质与一性质相近的标准物质在同一薄层上点样，于同一条件下展开、显色，根据测得的相对Rf值进行确证。如果它们的Rf值一样，则表示待测组分就是这个纯物质。为了考查其定性的准确性，常常将制成的板点样后，在不同的展开剂中展开，如果所得到的尺f值都一样，就可靠地证明它们是同一物质。有时为了进一步确证待测物，可将斑点从硅胶上洗脱下来，用其他方法进行定性鉴定。
(二)定量分析
1．目视比较法
取标准物配制系列浓度的试样，将样品与标准物试样在同一薄层板上点样(点样体积相同)，展开，显色后用目视的方法比较样品斑点和标准斑点面积大小和颜色深浅，取与标样zui接近的斑点，按标准物质的含量进行定量计算，误差为±10％。
2．洗脱法
洗脱法是将展开后被分离化合物斑点区的吸附剂从薄层板上剥离下来，再用适当的溶剂溶解，提取出被分离的化合物，然后用其他的含量测定方法进行测定。常用的测定方法有分光光度法，其他如谱法、库仑滴定法、气相色谱法和液相色谱法等也有应用。
3．斑点面积测量法
面积法是根据薄层板上斑点面积与物质浓度的关系，直接进行含量测定的一种方法。实验结果表明。斑占样品质量的对数(1gm)与斑点面积的平方根．屑成线性关系．
(1)稀释未知样品法 在同一块薄层板上，点3个样品点：标准样品点，未知浓度样品点，稀释到一定倍数的未知样品点。正常展开显色后，测量相应斑点面积(相对值)。
(2)稀释标准溶液法 在同一块薄层板上点3个样品点：标准样品点，稀释到一定倍的标准样品点，未知浓度样品点。正常展开显色后，测量相应的斑点面积(相对值)，优为所求未知物质量。
斑点面积的测量可采用一张半透明的绘图纸，覆盖在薄层上，描出斑点的面积，再将纸移到方格坐标纸上，读出斑点所占的格数，测量每格的面积(约0.25cm×0.25cm)，即司计算出斑点的总面积。误差为±5％。
4．扫描光密度法
扫描光密度法是直接用仪器在薄层板上测定斑点的颜色深度或荧光强度的一种方法。由于它的分离效率和测定灵敏度高、准确、快速，现已成为薄层定量的主要方法。薄层扫描定量方法可分为吸收测定法和荧光测定法。吸收测定法又可分为透射法和反射法。透射法是使光束照到薄层斑点上，测量透射光强度；反射法是使光束照到薄层斑点上，测量反射光的强度。凡被测组分有荧光或经适当处理后能生成荧光化合物时，均可进行荧光测定。可用氙灯或汞灯作紫外光源，测定时可选择适宜的激发光和荧光波长。
