基本原理大致相同,都是将室内空气经粗过滤器初滤,由离心风机压入静压箱,再经过空气过滤器精滤,由此送出的洁净气流从一定的均匀的断面风速通过无菌区,从而形成无尘无菌的高洁净度工作环境.但两种净化台的气流方向不同,侧流式工作台空气净化后的气流从左或右侧通过工作台面流向对侧,也有从上向下或从下乡上流向对侧,都能形成气流屏障保持工作区无菌.但在净化气流和外边气体交界处可因气流的流动出现负压,使少许未净化空气混入,有发生污染的可能.测流式净化台结构较为封闭,一般仅留两个手臂伸入的圆洞,操作和拿取较大物品不够方便。
外流式（水平式）是使净化后的空气面向操作者流动,因而外方气流不致混入操作区,但如进行有害物质实验操作则对操作者不利.水平式净化工作台工作多为开放时,没有防护挡板,虽然操作和拿取物品较为方便,但可能受外界气流的影响而引起不接空气混入。
净化工作台是较为精密的仪器,如果使用和维护得当,可以取得良好的效果并可延长使用寿命。
超净工作台主要是用过滤器来净化空气的，其过滤器是用一定的使用寿命的，需要定期更换。如果本身工作台处于较干净的环境中，如GMP车间内，那更换频率较低；如果只是普通实验室，应2年换一次过滤器，以保证其效果。
超净台使用寿命的长短与空气的洁净度有关。在温带地区超净台可在一般实验室使用，然而在热带或亚热带地区，由大气中含有大量的花粉，或多粉尘的地区，超净台则宜放在的有双道门的室内使用。任何情下不应将超净台的进风罩对着开敞的门或窗，以免影响滤清器的使用寿命。
超净工作台的使用方法
一、原理和结构
超净工作台笼盒由耐高温的透明塑料材料制成，一套笼盒由上盖、底盒、食槽、水槽、锁紧扣、进出风口组件、硅橡胶密封垫圈等组成有的上盖上还有一个称之为生命之窗的空气过滤网。独立通风笼盒是IVC设备的关键所在，它要具有一定的密闭性，能防止盒外空气的进入，以减少可能的感染来源，又要能让洁净空气流畅进入，并在盒内形成良好的气流动或扩散，与盒内气体混合并把笼盒内的废气排出。笼盒一般有两种基本形式，而且大多申请了保护。一种为笼盒的通排气是阀门开闭式，即上架时打开，取下时自动关闭。阀门有照相机快门式和单片弹簧开关式等。另一种为盒内终端过滤保护式。过滤膜的形式有圆筒状和平板状两种。过滤膜大多为亚或过滤材料制成。
