在气相色谱的使用过程中，氢气的用途主要有以下几种：一方面使用氢气作为气相色谱分析的载气，进行样品分离和分析；另一方面，当使用毛细柱进行分析时，一般需要使用与载气相同的气体作为尾吹气；再则，使用FID、FPD和NPD做检测器时候，需要使用氢气作为燃气，和空气燃烧以提供火焰；此外，当仪器使用转化炉时候，需要额外的氢气用作反应气体和CO、CO2发生反应生成甲烷。
一般而言，碱性电解液在电解池中电解后，潮湿的氢气进入气液分离器分离出氢气，氢气从电解槽电解出来之后，都需要经过净化才能供气相色谱仪使用，常用的净化方式主要有以下几种：
1 硅胶/分子筛净化系统
硅胶和分子筛净化系统属于氢气发生器常用的净化装置。一般而言，在室温下使用硅胶初步脱水，分子筛进一步脱水。由于硅胶价格便宜、活化再生方便，应此是使用为广泛的脱水方式。
需要注意的是，当硅胶吸附水分之后，会由天蓝色变为粉红色，应当及时更换。
2 变压吸附净化系统
变压吸附净化方式在氮气发生器中也有使用。
变压吸附(PSA)是一项用于气体分离的技术，变压吸附(PSA)技术的基本原理是利用吸附剂及不同压力下对不同物质的吸附容量的不同从而达到气体分离的目的。其基本过程是在高压下吸附剂将气体中的杂质吸附，目标气体（H2）被吸附相对较少，穿过吸附层成为所需的产品气；然后在低压下，被吸附的杂质气解吸出来。这样的过程反复循环，终的得到足量的产品气（H2）。
3 钯薄膜净化系统
除了上述两种净化方式之外，有的厂家提供了采用钯薄膜的净化系统，其基本原理是利用高温下只有氢原子才能穿透钯银合金薄膜的特性来进行净化。当氢原子穿透钯银合金薄膜之后，在钯薄膜的另一侧，单原子氢重新组合为双原子氢气。
