安捷伦气质联用仪是结合了气相色谱仪和质谱仪的仪器，质谱可以用于有效的定性分析，但是对于复杂的有机化合物的分析却无能为力。色谱法是一种有效的有机化合物分离和分析方法，特别适用于有机化合物的定量分析，但定性分析比较困难。因此，这两种方法的有效结合将为化学家和生物化学家提供一种用于定性和定量分析复杂有机化合物的有效工具。两种或两种以上方法的结合称为联用技术，而将气相色谱仪和质谱仪结合起来的仪器称为GC-MS。
安捷伦气质联用仪被广泛用于复杂成分的分离和鉴定，它具有高分辨率的GC和高灵敏度的质谱，是定性和定量分析生物样品中药物和代谢物的有效工具。质谱仪的基本组件是离子源，质量过滤器和检测器，它们位于真空主管中。它主要由以下部分组成：色谱，气相色谱接口，质谱仪（离子源，质量分析仪，检测器）和数据处理系统。
1、色谱部分
色谱部分与常规色谱基本相同，包括柱箱，气化室和载气系统。除特殊需要外，大多数不安装检测器，而是使用MS作为检测器。此外，色谱部分还具有分流/不分流进样系统，温度编程系统，压力和流量自动控制系统。色谱部分的主要功能是分离。将混合物样品在合适的色谱条件下分离成单个组分，然后通过质谱仪进行鉴定。色谱仪在常压下工作，而质谱仪需要高真空，因此，如果色谱仪使用填充柱，则必须通过接口设备分子分离器以除去色谱载气，并使样品气体进入质谱仪。如果在色谱图中使用毛细管柱，则由于毛细管中的载气流比填充柱中的载气流少得多，因此不会破坏质谱仪的真空，因此可以将毛细管直接插入离子源中质谱仪的。
2、气质界面
气体接口是GC和MS之间的连接部分，常见的连接方法是直接连接。将毛细管柱直接引入质谱仪，并用石墨垫片（85％Vespel+15％石墨）密封。接口必须加热，以防止分离的组件凝结。界面温度通常设置为气相色谱仪程序升温的高值。
3、质谱仪
安捷伦气质联用仪不仅是通用检测器，还是选择性检测器。在离子源部分，样品分子被电离形成离子和碎片离子，然后根据质荷比通过质量分析器进行分离，在检测器部分产生信号，并放大并记录质谱。
