系统中管路阻塞的现象很少见，常见的是烧结过滤片(玻璃砂芯)阻塞。用烧结过滤器或过滤片(孔径2-10um)能去掉阻塞管路的微粒(如0.25mm管径)。用系统分段法检查阻塞的管路，从后向前分别松开接头检查，找到阻塞管路后，应立即拆下来疏导或换新。
如果是非刚性物质阻塞，如生物样品中的生化物质(蛋白质)、微生物等，可用极细的金属丝导通，也可以在火头上烧一烧，使有机物炭化，而后再导通。
如果是刚性物质阻塞，要导通则十分困难，采用反冲的办法有时能成功。就是将管子调头用泵冲洗。操作时要注意保护眼睛和裸露的皮肤，因阻塞物会以很高的速度冲出来。无法导通的管路要换上同样规格的管子。如果换上新管后又被阻塞，则应该停机检查上面提到的引起阻塞的几种原因。
管头损坏：
管子切口不平整或密封卡套不平滑都不能密封。要重新切割去坏管头(包括卡套)，调换新卡套，装上接头挤压卡紧。大多数渗漏是由接头引起的，而不是管子问题。
色谱接头故障的预防与解决办法几乎所有的接头故障都是可以避免的，按下列要求可以有效地预防色谱接头的故障：
①使用仪器设计时的部件(如同一厂商的部件)；
②使用效果好的接头部件(如零死体积，即样品通过时V0=0)；
③按要求组装和拧紧接头，不可拧得过紧。
