营养成分受到破坏。以玉米为例，玉米中的主要成分是淀粉、蛋白质、脂肪等，当温度过高时会使淀粉和蛋白质发生糊化和变性，从而失去应有的营养成分，玉米在57度以上时，淀粉结构发生变化，蒸煮粘性发生下降变化，不易成团，食用时失去香味，口感发散，并用粘牙现象。
脂肪酸值升高。在烘干过程中由于控制不好温度容易引起玉米产生烘糊粒，一般在50度以下，对玉米的色泽和味道影响不大，脂肪酸值变化也不明显。若粮食的温度在60度以上时，玉米颜色发灰，还会出现焦糊粒，失去原有玉米甜味，脂肪酸值变化较大。新收获的玉米脂肪酸值一般在15左右，很少有超过20的，不完善粒也低。而高温烘干的玉米脂肪酸值和不完善粒中的破碎粒和热损伤粒比较多，指标普遍高，有的还有烘糊粒，所以由于烘干条件的不适宜，引起了质量指标发生变化，不宜继续储存和流通，只有轮出。
淀粉的产率降低。当烘干温度在90℃以上时，一次完成烘干作业的玉米，其淀粉品质会受到显著的不良影响。美国詹逊等人于1975年报告说，当对玉米进行100~142℃的水热处理时，玉米所含麦芽搪（淀粉水解产物之一）的数t增加约4倍，从9.4毫克增为35.5毫克。说明玉米中的淀粉发生了部分水解，淀粉产率降低。
蛋白质遭破坏。加热温度对粮食的蛋白质含量有一定的影响。当玉米加热到143℃时，玉米中能被氯化钠提取的蛋白质数量会显著减少。高温烘干能使粮食中若干种氨基酸遭到破坏。加热温度对小麦的面筋蛋白有很大影响。如果加热温度过高，面筋含量将下降或*丧失，残留的少量面筋品质将显著变坏，并会使色泽变暗，失去弹性。
烘干过程中，一般控制小麦温度在45~50℃。在保证发芽率为95%以上时，小麦所能忍受的最高温度为62℃，玉米为51℃（相对湿度为70%时）。加热温度对几项品质指标都有着不同的影响，因此对食用、商用的粮食一般加热温度不超过50℃，最高不超过60℃，对于种用粮食，一般不能超过45℃。
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