傅里叶变换红外显微镜具有令人难以置信的快速成像特点。在图像中，每个像素由一个完整的光谱组成。该光谱数据可用于渲染假彩色图像，强调样品的化学结构或成分等特性。成像在所有测量模式中都具有较好的空间分辨率和灵敏度。可轻松、精确地评估片剂、聚合物或其他材料的均匀性，或对污染进行化学表征。
傅里叶变换红外显微镜的特点为：
①灵敏度高，检测限可降低，几纳克的样品就能获得很好的红外光谱图；
②能进行微区分析，其测量孔径可到8微米或更小，在观察下，可方便地根据需要选择样品不同部分进行分析。对非匀相样品可在显微镜下直接测量样品各个相的红外光谱图。对于固体不均匀混合物，可直接测定各个固体微米区域组分的红外光谱图；
③样品制备简单，对不透光样品可直接测定反射光谱；
④光路调节简单，显微观察与红外光谱分析是同一光路，容易实现对样品待分析部位定位；
⑤分析过程中可保持样品原有形态和晶型，样品不被破坏。
傅里叶变换红外显微镜的部分应用领域如下：
1、应用于研究物质的分子振动光谱，用于有机合成产物及其中间体、天然产物结构测定、药物结构测定及定量分析，药物的晶型鉴别。
2、高分子材料（塑料、橡胶、纤维、粘合剂、油墨及涂料等）、复合或填充高分子材料、口腔材料、珠宝、矿物等材料的成分研究及表面结构分析。
3、药物、食品、表面活性剂、农药等中的有机成分、无机成分的分析。
4、化学反应动力学的研究，连续监测不同阶段物质的结构变化。
5、材料微区、材料污染物或微量样品的成份分析。
6、气体的成份分析。
