薄层色谱扫描仪是对薄层色谱进行定量检测分析的仪器，当前市场上有两类薄层色谱扫描仪：
是一种全波长扫描仪，提供波长200-800nm范围的可选波长，通过检测样品对光的吸收强弱确定物质含量。该扫描仪也能检测254nm或365nm紫外照射产生的荧光强度，从而进行特异性检测。
传统扫描仪的扫描方式分为：单光束扫描、双光束扫描和双波长扫描。
单光束扫描：采用单一光束（即单一波长扫描），其结果就是上图中一特定波长条件下的单条曲线。仪器结构简单，但是基线不稳，实际中很少使用。
双光束扫描：采用同一波长的两个光束同步扫描，一个光束扫描样品展开通道，另一个光束扫描样品通道旁边的空白区域，这样就可扣除空白吸收，部分消除薄层板展开方向铺板不均匀产生的误差。但是无法消除垂至于展开方向铺板不均匀产生的误差。
双波长扫描：两个不同波长的光束交替扫描样品展开的通道区域，波长选择时，一个波长为样品最大吸收位置，另一是吸收极小值位置。如上图所示，如检测目标为3（则最大吸收峰为290nm，极小值可选200nm、260nm或325nm）。这种方法可基本消除铺板不均产生的误差，因此扫描基线很稳定。
以上各种扫描方式中，根据光源大小（扫描精度）不同可分为直线扫描和锯齿扫描。
