生物发酵罐使用前后都应认真清洗，特别是前后两次培养采用不同的菌株时，更应注意清洗和杀菌工作。玻璃发酵罐内可进行清洗的任何部分都应认真清洗，否则都可能成为杂菌的滋生地。易被忽略而不能充分清洗的地方有喷嘴角内部与取样管内以及罐顶等处。
发酵罐 的清洗是非常重要的，但是很多人不太会，不但没有清洗干净，反而可能导致更恶劣的后果。
1.发酵过程会产生大量的蛋白质 、酒花树脂、多糖、酵母等有机物和草酸钙、硫酸盐等无机物，在发酵罐清空后，有机物和无机物污物附着在罐壁上，呈黄褐色。酒石数量多时，表面呈现白色，如同盐碱地表皮一样，无机物与有机物相互交织在一起。
清洗时使用火碱，只是对去除有机物有作用，清洗温度达到80℃以上，才会有较好的清洗效果。
清洗时采用单一的硝酸进行清洗，只是对无机物有一定效果，对有机物几乎无效。而发酵 罐壁所结污物为无机物和有机物的混合物，使用单一清洗剂清洗困难。因此，有的啤酒厂每年都会对发酵罐进行一次大清洗，清刷发酵罐。
2.发酵罐壁T541防腐层部分损坏，经修补后，表面光洁度明显下降，造成罐壁污物清洗困难。
3.洗罐器或洗球的磨损或堵塞，导致部分发酵罐清洗不够，污物积累较多。
诸多因素会致使发酵罐经过几年的使用后，会产生很多脏物质，比如罐壁积累了一定量的污物，使用常规清洗工艺难以清除。故每4至5年，可利用生产淡季对发酵罐进行深度清洗。这是最好地方法。
