厌氧培养箱置换时混合气体调整好混合气体钢瓶所需压力（钢瓶上减压阀的输出压力），一般为0.1左右。打开控制面板上的F3开关，同时打开真空泵开关，让其抽走取样室内的空气。混合气充入操作室内，以手套向外伸直为止（不能过多充入，为防止手套爆裂。），此时应关闭F3开关，然后打开F1和F2开关，使操作室内的气过渡到取样室内，直到手套向内伸直为止，为防止手套爆裂此时应关闭F1与F2的开关，这样混合气的置换完成了，重复以上方法，做5到6次，做完后，整个气体的置换就完成了，这时操作室内就形成了厌氧环境，并关闭真空泵开关。打开F5，并调节面板上的稳流阀和流量计，使流量计的流量为10ml/min。直至实验结束，关闭减压阀和混合气总阀。
