如果色谱柱不使用，又该如何进行保存呢？下列方法可供参考：
在柱二端包起来，放到盒子里室温避光保存。毛细管柱可以用废旧的隔垫裁成二块，分别插在毛细管二段。填充柱用小塑料袋套住，再用细金属丝扎起来。因为分析室有许多化学试剂，特别在橱内会有些气味，这样能较好保管色谱柱。放置时也要有序放置，毛细管柱还是用盒子装好以免压坏，在放置时在柱上和记录本上都做好记录。
拆下后，两头用橡胶垫密封，橡胶垫原本色谱盒子就带有，如果没有，用进样垫制作一下就可以了，然后装在原来的色谱盒子里面，备注上相应的信息。通常要求放在干燥的地方，下次使用时，切记进样端和出口端不能装反。
正确及时的冲洗
开始试验前，应了解柱中当前是何种溶剂。对于新色谱柱,如无特殊说明均为评价报告中所用流动相。柱中当前溶剂一定要与分析样品所用流动相互溶,如不能混溶,要用与二者均能相互混溶的第三种溶剂过渡。异丙醇是能与各种溶剂混溶的试剂，可作为中介流动相使用。反相键合硅胶柱适宜的保存环境是纯甲醇,如分析用流动相为缓冲液2有机溶剂,可先用较低甲醇含量(<20%)的甲醇2水置换掉原来的纯甲醇,再进分析用流动相，以防止在柱内发生盐的沉淀；
试验结束后,要及时用适当的溶剂冲洗系统并最终过渡到纯甲醇冲洗,对于含有缓冲盐的流动相，好的办法是先用与分析用流动相组成相同但不含缓冲盐的溶液进行冲洗，再逐步过渡到纯甲醇冲洗。多数报道冲洗液体积大约为柱容积的15～20倍,但最终要以基线是否平直、压力是否稳定决定。有些厂家的色谱柱标明了流动相中有机相的最低使用浓度为≥5%，使用时应给予注意。
