纯水在存储过程中，二次污染导致水质下降问题很难避免。当储水箱的水质有下降情况发生，我们就需要引起足够的重视。一般，引起纯水在水箱储存过程中发生水质劣化的主要原因有以下几点：
水箱材质：由于纯水中的溶解离子浓度低，外界环境中的污染物，如微生物、空气、有机物等很容易进入水中。非惰性的塑料和玻璃制造的储水箱会溶出离子和有机物，电导率升高，水质劣化。因此，水箱材质推荐使用低溶度的聚乙烯，含氟材质。
空气过滤器：多数的储水器都有一个排气口用于取水期间空气的流通。空气口容易吸入外界空气中的二氧化碳、细菌、颗粒和挥发性有机物，这都会引起纯水污染。因此，排气口需安装一个空气过滤器阻止这些污染物的进入。
杀菌：水质虽然经过纯化，但仍然会有少量微生物残存。只要留存在水箱中，就会出现繁殖的可能性，从而形成菌膜，引发水质下降问题。因此，安装一个能够抑制细菌生长的UV灯非常重要，它相对于药剂或者热水杀菌，持续性强，无毒无害无污染，成本低。一般，在纯水管线与水箱中同时使用紫外灯照射，可将纯水中的细菌降到很低。
水箱设计：细菌繁殖容易发生在水流停滞的地方。因此，水箱的设计架构非常重要。一般平底水箱容易滋生细菌，水排不干净。而底部倾斜构造的水箱，就能让水排完。此外，不能将水箱放置在阳光直射的窗边，如果使用半透明材质的水箱，也会因日光照射引起藻类物繁殖问题。
