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131XX-50 陶瓷玻璃不锈钢碳化硅石榴石研磨珠
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当提到从各种样品中提取DNA或RNA,zui快速*的样品处理办法就要数研磨珠高速击打破碎。无论研磨均质微生物、老鼠组织、植物种子或叶子,还是各种土壤,使用研磨珠都能有效打破细胞壁和细胞膜,释放出DNA、RNA,供下游提取纯化。
目前市场上有大量各种类型研磨珠供选择,使用者往往无从下手。本文总结归纳了在MoBio实验室使用的各种研磨珠的特性,以及适合处理的样品类型,供参考。
在之前的文章,根据RNA提取的特点详细地讨论了该使用的研磨均质条件。今天将全面讨论DNA、RNA提取过程中研磨珠的选择。
涡旋仪:
通常在涡旋仪上使用研磨珠套管的情况zui多。涡旋仪非常适合用于样品DNA提取的研磨均质。因为它动作相对缓和,能zui大程度上保持DNA的完整性。
0.15mm石榴石(Garnet):用于提取微生物纯培养的DNA,也适合于菌液的离心沉淀、水过滤物、尿沉淀,或败血症血培养。沙粒样的石榴石颗粒表面粗糙不平,非常有利于细胞壁的裂解。但其硬度相对比较低,在涡旋仪研磨击打条件下,对DNA损伤较小。
使用石榴石的试剂盒:我们在UltraClean® Microbial DNA Kit、PowerFood DNA Kit (0.5 ml tube) 和Bacteremia DNA Kit(2.0 ml tube)上使用此类型研磨珠
0.7mm Garnet石榴石(Garnet):此种研磨珠由各种大小不一、表面粗糙不平、外形各异的锋利小石块组成。锋利而坚硬,能有效破碎半固体状及坚硬样品。
使用0.7mm石榴石的试剂盒:使用涡旋仪破碎
2ml管动物组织样品:UltraClean Tissue and Cells DNA Isolation Kit ;
2ml管土样样品:UltraClean Soil、PowerSoil DNA Isolation Kits 及 PowerFecal DNA Isolation Kit,
15ml管:RNA PowerSoil Isolation Kit、 UltraClean Water DNA Isolation Kit
50ml管:PowerMax Soil DNA Isolation Kit.
0.15mm/0.7mm石榴石:Powerwater DNA Isolation Kits 及 RapidWater DNA Isolation Kits的5ml研磨珠套管就使用了这两款研磨珠混搭。更换成5ml厚壁管意味着不用折叠47mm水样滤膜就能轻松塞进研磨管中。这里提供了更多水样滤膜的选择技巧。研磨珠的混搭可以zui大程度地释放滤膜表面及内陷的微生物到研磨管。
0.25mm碳化硅:此款研磨珠均为锋利的小薄片。薄片碳化硅能高效破坏微生物细胞,并剪切基因组DNA。通常用来制备RNA。
使用0.25碳化硅研磨珠的试剂盒:我们使用此研磨珠在UltraClean Microbial RNA Isolation Kit 0.5ml 管中提取微生物RNA;还在Biostic Stabilized Blood RNA Isolation Kit上用于过柱吸附RNA前对基因组DNA进行破碎。此举大大减轻了RNA制备的后期处理工作。
涡旋仪或高速研磨机:
玻璃研磨珠都能用在涡旋仪和高速研磨机上。而相对来说,其跟适合于后者。因为玻璃珠在高速研磨过程中不会发生崩解。
0.1mm 玻璃珠:细小的玻璃珠直径只有0.1mm。圆球外形非常坚硬,在强大外力作用下依然保持完整。是处理某些类型土壤(如:粘土、沉淀物和沙土)的选择。提取真菌、孢子DNA也能得心应手。适合涡旋仪和PowerLyzer使用。
使用0.1mm玻璃珠的试剂盒:我们在PowerLyzer UltraClean Microbial DNA Isolation Kit 0.5 ml管和 PowerLyzer PowerSoil DNA Isolation Kit 2ml管中使用此研磨珠。更多关于有效提取粘土DNA的数据。
0.5mm 玻璃珠:下一个要介绍的是0.5mm玻璃研磨珠。其球状外形及高硬度同样适合用于高速研磨机。不过我们尚未应用到试剂盒上。在提取菌类DNA及需要轻质大个研磨珠场合上比较适用。我们提供了2ml装的研磨珠套管。
高速研磨机上使用的研磨珠套管:
下面的击中研磨珠直径较大,适合用于破碎坚硬样品或者RNA的提取。因此,一般的涡旋仪不能满足所需作用力。
2.38mm 金属研磨珠套管: 我们实验室通常用来提取植物DNA。金属研磨珠质地非常坚硬,在一般涡旋仪上可以用来提取柔软的植物组织。而对于大部分植物样品,在高速研磨机上使用能释放出更多DNA。金属研磨珠很好地应用于植物DNA提取的另一个原因是,植物DNA提取的裂解缓冲液中不含有腐蚀金属球的离液盐,不会导致其锈色。此研磨珠在我们的厚壁管中高外力情况下使用不会发生破裂。
使用2.38mm金属研磨珠套管的试剂盒:PowerPlant DNA Isolation Kit。
1.4mm 陶瓷研磨珠套管:细小的陶瓷研磨珠提取幼小样品RNA,有时比2.8mm研磨珠来得更有效率。经过试验证明,对于所有类型植物和动物组织,2.8mm陶瓷研磨珠是用的。所以我们没有把1.4mm陶瓷研磨珠应用在试剂盒上。但也不排除客户有特殊应用。市场上商品化名称有时会把陶瓷研磨珠称为锆石。而锆石就是一种陶瓷材料。
2.8mm陶瓷研磨珠套管:我们把此研磨珠应用于几乎所有PowerLyzer系列的试剂盒上。2.8mm陶瓷研磨珠非常适合于提取各种动植物组织RNA。而且在提取RNA必须使用的高离盐裂解液中不会生锈或变色。研磨珠已经预装在厚壁管中。
使用2.8mm陶瓷研磨珠的试剂盒:
PowerLyzer UltraClean Tissue & Cells RNA Kit 和 PowerLyzer UltraClean Plant RNA Kit。
所有的研磨珠套管都可以单独购买,以便于开发你自己的操作流程和尝试新的混搭。为了节省你的经费,大部分研磨珠都有散装销售。厚壁管也可以单独购买。
样品类型 | 石榴石0.7mm | 石榴石0.15mm | 碳化硅0.25mm | 陶瓷珠2.8mm | 陶瓷珠1.4mm | 金属球2.38mm | 玻璃珠0.5mm | 玻璃珠0.1mm | |
Garnet | Garnet | Carbide | Ceramic | Ceramic | Metal | Glass | Glass | ||
组织 | 组织Tissue | V | V,B | V,B | |||||
皮肤Skin | V | V,B | V,B | ||||||
头发Hair | V | V,B | |||||||
指甲Nail | V | V,B | |||||||
骨头Bone | V,B | V,B | |||||||
肺Lung | V | V,B | |||||||
V,B | V,B | ||||||||
肝脏Liver | V | V,B | |||||||
脑Brain | V | V,B | |||||||
心脏Heart | V,B | V,B | |||||||
肾脏Kidney | V | V,B | |||||||
性腺Gonad | V | V,B | |||||||
昆虫/苍蝇 | V,B | V,B | |||||||
昆虫/扁虱Insect/Tick | V,B | V,B | |||||||
微生物 | 细菌Bacteria | V,B | V,B | V,B | |||||
酵母Yeast | V,B | V,B | V,B | V,B | |||||
革兰氏阳性菌Gram + | V,B | V,B | V,B | ||||||
革兰氏阴性菌Gram - | V,B | V,B | V,B | ||||||
真菌/霉菌Fungi/Mold | V,B | V,B | V,B | ||||||
孢子Spores | V,B | V,B | V,B | ||||||
植物组织 | 柔软植物组织 | V | V,B | ||||||
坚硬植物组织 | B | V,B | |||||||
种子Seeds | B | V,B | |||||||
茎Stems | B | V,B | |||||||
玉米Corn | V,B | ||||||||
坚果Nuts | V,B | ||||||||
大米Rice | V,B | ||||||||
小麦Wheat | V | V,B | |||||||
叶片Leaves | V | B | V,B | ||||||
拟南芥Arabidopsis | V | B | V,B | ||||||
土壤 | 土壤Soil | V | V,B | V,B | |||||
珊瑚Coral | V | V,B | V,B | ||||||
海底泥 | V | V,B | |||||||
淤泥Sludge | V | V,B | |||||||
粪便Fecal | 排泄物/粪便Fecal/Stool | V | V,B | ||||||
Scat | V | V,B | V,B | ||||||
RNA | 组织RNA | B | B | ||||||
微生物RNA | V | ||||||||
植物RNA | B | ||||||||
土壤RNA | V | B | |||||||
备注:(V)使用涡旋仪及适配器; (B)高速研磨击打设备; V,B两者皆可 | |||||||||
Recommended methods:(V)Vortex and Vortex adapter;(B)Bead beating instrument;V,B=Either method |