环状RNA芯片定制检测服务

实验技术简介: 环状RNA (ircRNA) 是区别于传统线性RNA的一类新型RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中。大部分的环状RNA是由外显子序列构成，在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感，所以比线性RNA更为稳定， 这使得环状RNA在作为新型诊断标记物的开发应用上具有明显优势。近来研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用,称之为竞争性内源RNA (ceRNA) ， 能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。

实验操作流程:

1、样品RNA抽提

2、RNA质量检测

①使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。

②用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性。

③提供RNA QC报告。

3、RNase R处理

4、cDNA/aRNA样品合成和标记

5、标记效率质量检测使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。

6、芯片杂交

在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。

7、图像采集和数据分析

使用GenePix 4000B芯月扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。

8、提供实验报告

①Scanning Image: Cy3荧光扫描图像;

②Scatter Plot:散点图，X轴为Control信号值，Y轴为Experiment信号值， 表示信号数据总体分布趋势;

③Raw Data:探针的扫描荧光信号强度原始数据;

④Normalized Data:经过统计学方法标准化后数值;

⑤P-value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小， 该circRNA在两组样本间差异表达越显著

⑥significant Up & Down Regulated CircRNA List:显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-valuel以及circRNA的详细注释信息(相应的线性mRNA和miRNA结合位点)。

客户提供:

1、实验对象为组织样品，取适量(50-100mg) 新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用

BioPulverizer TM冰冻粉碎组织，加1m的RNA抽提试剂TRIzol (Invitrogen) ，使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。

2、实验对象为细胞样品，每份样品取1x106~ 1x107细胞，加1m的RNA抽提试剂TRIzol (样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿TRIzo1使用量为1ml)，裂解后抽提RNA。

交付标准:

1、芯片检测数据

2、完整的实验操作规程、实验报告(含软件分析结果)以及实验材料

实验代做服务：