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单细胞转录组测序
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代理商上海申知心生物科技有限公司(简称“申知心生物”),是一家“提供全面、系统、高质量的心血管相关疾病研究服务平台”的创新型企业,致力于搭建基础医学和临床转化服务体系并开展基于药效学评价的临床前CRO服务,提供各种成熟的心血管疾病模式动物。公司投资建立的动物实验中心,建有清洁级、SPF级动物实验室,面积约1800平米。为科研院所、临床科室及医药企业提供专业定制化的动物模型、药物筛选、药理药效评价、安全性评价、病理分析及分子生物学检测等服务。
申知心生物拥有专业的技术团队,核心成员来自中科院、复旦、交大、同济等国内重点高校及科研机构,并与心血管病研究所保持密切合作,能够提供完善的实验技术咨询与服务。
单细胞转录组测序简介:10x Genomics 是基于微流控技术的单细胞系统,可同时获得100-800000个细胞的表达信息,实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因表达差异的检测,是肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体检测以及胚胎发育研究的黄金方法。10xGenomics单细胞应用广泛,可应用的细胞类型有:生殖细胞,胚胎细胞,神经细胞,免疫细胞,肿瘤细胞,干细胞,其他原代细胞。
1 单细胞转录组测序实验流程
1.1实验流程图
1.2实验描述
1) 细胞质检RNA,用Countess®II Automated Cell Counter对细胞计数,将细胞浓度调整到理想浓度1×106/mL。
2) 10x 标记cDNA的片段,含有barcode信息的凝胶珠子首先与细胞和酶的混合物结合,然后被位于微流体'双十字'连接中的油表面活性剂液滴包裹。液滴非常小,仅能容纳一个凝胶珠子,液滴流到储液器中被收集后,凝胶珠子溶解释放引物序列,逆转录cDNA的片段,并以cDNA 为模板进行PCR 扩增。将每个液滴中含有barcode信息的产物混合,构建测序文库。
3) 建库,首先利用Biorupter 超声破碎仪将cDNA 打断成200~300bp左右的片段,加上测序接头P5 和测序引物R1 等传统二代测序的建库过程,后进行PCR扩增得到DNA 文库。
4) 簇生成和测序,利用Qubit 仪器对文库进行定量,合格的文库被放置到cBot中进行桥式扩增,生成簇后利用Hiseq 或者Miseq测序仪进行测序。原理是每个循环都加入A,T,G,C 4 种荧光基团标记的dNTP,依据AT、GC 配对,对应的dNTP通过1DNA 聚合酶结合到模板DNA 链上,其他未结合的dNTP被洗脱掉,结合的位置释放出荧光信号,被计算机捕捉到并进行相应转换,从而得到该位置的碱基信息。