原子力显微镜WY-6800AFM是WY-6600AFM的升级，增加了针对标记区域扫描提供准确的定位系统及磁力模块，因而扫描范围更广，定位更精确。

原子力显微镜WY-6800AFM主要功能特点：
硬件系统 
1、光机电一体化设计，外形结构简单；
2、扫描探头和样品台集成一体，抗干扰能力强；
3、精密激光检测及探针定位装置，光斑调节简单，操作方便；
4、采用样品趋近探针方式，使针尖垂直于样品扫描；
5、伺服马达手动或自动脉冲控制，驱动样品垂直接近探针，实现扫描区域精确定位；
6、高精度大范围的样品移动装置，可自由移动感兴趣的样品扫描区域；
7、高精度大范围的压电陶瓷扫描器，根据不同精度和扫描范围要求选择；
8、带光学定位的CCD观测系统，实时观测与定位探针扫描样品区域；
9、采用伺服马达控制CCD自动对焦功能；
10、模块化的电子控制系统设计，便于电路的持续改进与维护；
11、集成多种扫描工作模式控制电路，配合软件系统使用。
软件系统 
1、可观测样品扫描时的表面形貌像、振幅像和相位像；
2、具备接触、轻敲、相位、摩擦力、磁力或静电力工作模式；
3、可自由选择图像采样点为256×256或512×512；
4、多通道图像同步采集显示，实时查看剖面图；
5、多种曲线力-间距(F-Z)、频率-RMS（f-RMS）、RMS-间隙（RMS-Z）测量功能；
6、可进行扫描区域偏移、剪切功能，任意选择感兴趣的样品区域；
7、可任意选择样品起始扫描角度；
8、激光光斑检测系统的实时调整功能；
9、针尖共振峰自动和手动搜索功能；
10、可任意定义扫描图像的色板功能；
11、支持样品倾斜线平均、偏置实时校正功能；
12、支持扫描器灵敏度校正和电子学控制器自动校正；
13、支持样品图片离线分析与处理功能。