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纳米孔测序仪 MinION MK1C
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纳米孔测序仪 MinION MK1C是一款多方位集成的、*便携式测序和分析测序仪,利用更*的纳米孔测序技术,实现对DNA和RNA分子的高通量单分子实时测序。
原理:单分子纳米孔测序技术。
品牌:Oxford Nanopore Technologies(ONT),UK英国
应用类型:全基因组测序、靶向测序、RNA测序、宏基因组测序、表观遗传学等。
样本类型:基因组DNA、扩增子/PCR产物、cDNA、RNA。
环境:
储存环境:温度要求:10~30℃、湿度要求:5%~95%
工作环境:野外/现场、实验室、移动实验车
温度要求:18~25℃
湿度要求:10%~80%
电源要求:100~240 VAC (50/60Hz)
其他要求:网络
仪器参数:
流动槽(flow cell):1个MinION/Flongle测序芯片槽
体积:3*14*11.4 cm(高30mm | 宽140mm | 深114mm)
重量:420g
预装软件:Linux操作系统、MinKNOW、Guppy、EPI2ME
CPU:ARM 6核处理器
GPU:256核GPU
内存:8 GB RAM
储存:内置1 TB固态硬盘,支持USB及SD移动存储
触摸屏:OLED触摸屏
网络支持:Wi-Fi,GSM、UMTS及LTE模式的蜂窝网
仪器性能:
测序通道数量:512(2048)/MinION测序芯片槽或216/Flongle测序芯片槽;
起始样品量:10pg~5ug;
测序样品上样量:≥100ng,75ul;
运行时间:1min~48hrs(按需可控);
测序速度:450bp/s(DNA)、70bp/s(RNA);
运行数:1个flow cell实验;
芯片使用寿命:72 hrs;
原始数据存储。
性能指标
文库制备时间:10min(Rapid)或2hrs(Ligation);
DNA/RNA直接测序(RNA无需转换成cDNA即可进行测序);
获取序列时间:运行2min;
序列条数:4.4 Million(百万)reads(以10kb长度计算);
读长长度:从200bp至2Mb;
测序数据产量:10~30 Gb/MinION flow cel;200Mb~2Gb/Flongle flow cel;
碱基质量:99%;
碱基修饰:直接检测碱基修饰信息(甲基化检测);
分析Nanopore测序数据的工具:≥30种、开源;
集成设备:仪器本身为高性能计算机,可实时完成数据获取,存储以及碱基转换(basecalling)。
纳米孔测序仪 MinION MK1C优点:
MinION Mk1C结合了MinION实时快速可手持测序、Flongle强大的集成计算和高分辨率触摸屏的优点, 能够为DNA/RNA测序提供多方位的解决方案。
安装简便:多方位集成的、*便携式测序和分析测序仪,没有复杂的激光或光路系统,直接连接电源即可使用,无需日常维护。
单分子测序:DNA/RNA可直接测序,无需PCR扩增,免除PCR扩增带来的错误和GC偏差,快速、实时。
直接RNA测序:提取RNA无需转换成cDNA即可进行测序。
甲基化检测:碱基修饰基于电信号的差异检测碱基,在DNA/RNA测序同时可直接检测碱基修饰。
数据产生快速:提供更*的单分子实时测序,上机后2分钟产生碱基序列数据。并可以根据实验需求设置测序反应时间。
实时分析:可在测序同时完成原始电信号碱基读取(Fast5 To FastQ)、数据质量控制(QC)、barcode拆分(Demultiplexing)、序列比对(Alignment)、基因组组装(Assembly)、宏基因组分析(Metagenomics)、扩增子分析(Amplicon)、测序错误校正(Error correction)、变异分析(Variant calling)、碱基修饰(Base modification