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m5C甲基化测序-mRNA +lncRNA（lncRNA-BS）
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深圳市易基因科技有限公司(简称易基因，E-GENE Co.,Ltd.)专注表观组学十余年，以“表观遗传学科学研究与临床应用”为愿景，依托高通量测序技术和云数据分析平台。为医疗机构、科研机构、企事业单位等提供以表观遗传学技术为核心的多组学科研服务及解决方案，全面覆盖针对生命科学基础研究、医学及临床应用研究等内容。
易基因专注表观组学十余年，多组学科研服务。技术团队在国际上LHC-BS、HMST-seq、ChIP-BS、cfDNA-TBS等甲基化、羟甲基化技术流程，研发建立简化基因组甲基化dRRBS、cfDNA-RBS，单细胞/微量DNA全基因组甲基化及简化高通量甲基化测序技术，RNA甲基化测序等技术和方法，并建立易基因科技全自动化弹性资源生信分析系统。在Nature、Lancet、Science、Nat Commun、 Cell Res、Genome Biol、Blood、PloS Genet、Epigenetics、Epigenomics 、Clin Epigenetic等期刊发表论文100余篇，申请发明12项、软件著作权27项。
T：0755 - 28317900
V：181 2416 7839
详细信息
大家好，这是专注表观组学十余年。
m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。m5C存在于tRNA上时，可以对翻译进行调节；存在于rRNA上时，可以对核糖体的生物合成进行质控；存在于mRNA上时，则可以影响mRNA的结构、稳定性及翻译过程。
易基因提供适用于不同科研需求的m5C甲基化测序技术：
常规mRNA m5C甲基化测序（RNA-BS）：
mRNA分离后首先通过亚硫酸盐处理，非甲基化的C转变为U，m5C修饰的碱基保持不变，结合高通量测序，可以对RNA上的每一个C碱基修饰进行定位与定量。
常规mRNA +lncRNA m5C甲基化测序（全转录组RNA-BS）：
易基因科技建立的升级版m5C RNA甲基化测序服务，去除人rRNA后，剩余RNA经重亚硫酸盐处理后，结合高通量NGS策略，可在全转录组范围内单碱基分辨率地检测基因m5C甲基化修饰分布。
研究方向：
与m6A甲基化类似，m5C甲基化已被证明与肿瘤、神经系统紊乱、代谢性疾病、病毒感染以及个体发育等密切相关。
此外，RNA甲基化（m5C）与人类疾病密切相关，其功能涉及调控干细胞应激、细胞毒性应激、mRNA出核和植物细胞发育及基因表达等方面。
技术优势：
高深度：超高深度重亚硫酸盐处理，检测准确性高；
高通量：结合高通量NGS，全转录组范围内检测；
单碱基：单碱基分辨率，快速检测和分析RNA中的m5C。
高准确：精确的检测mRNA等每一个C碱基的的修饰水平。
技术路线：
实验策略：
分析内容：
送样要求：
经典案例：
一、斑马鱼：m5C修饰在生理和病理进程中的重要调控作用
2019年8月，在Molecular Cell（17.97）发表的RNA 5-methylcytosine facilitates maternal-to-zygotic transition through preventing maternal mRNA decay文献，研究了5-甲基胞嘧啶（m5C）如何参与调控母源mRNA稳定性维持，发现m5C通过新结合蛋白Ybx1调控母源mRNA的稳定性，进而调控斑马鱼母源-合子转换（maternal-to-zygotic transition, MZT）及早期胚胎发育进程。通过绘制斑马鱼早期胚胎发育过程中RNA m5C甲基化图谱，发现在母源-合子转换过程中，m5C修饰的母源mRNA比未修饰的mRNA更稳定。研究结果揭示：m5C修饰通过其结合蛋白Ybx1招募Pabpc1a维持母源mRNA稳定性从而保证母源-合子转换有序机制的发现，进一步证明其在调控重要生理和病理进程中的重要作用。
二、肿瘤：单碱基分辨率下分析人类膀胱尿路上皮癌(UCB)样本中mRNA的m5C修饰
2019年，发表在Nature Cell Biology（IF: 28.824）上的5-methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs的文章，通过单碱基分辨，分析人类膀胱尿路上皮癌(UCB)样本中mRNA的5甲基化胞嘧啶（m5C）修饰，鉴定出大量的癌基因mRNA携带高甲基化m5C修饰位点，并且高甲基化修饰基因在UCB样本中呈现高表达。此外证明，YBX1可以特异性的识别m5C位点（Reader），YBX1通过募集ELAVL1蛋白维持靶向mRNA的稳定性。此外发现，NSUN2和YBX1通过结合HDGF基因3’端非编码区域的m5C位点驱动UCB的发病机制。本文揭示了m5C mRNA修饰对癌基因激活调控的新机制，也为不同肿瘤研究提供了新思路和潜在的治疗策略。
在猪粪便样本噬菌体和原噬菌体重叠群中发现的ARGs
三、哺乳动物：m5C修饰在mRNA出核和转录后调控中发挥重要作用
2017年，发表在Cell Research（IF: 25.617） 上，题为5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader的研究发现，m5C修饰在富含CG的区域和翻译起始位点下游的区域富集，在哺乳动物转录组中具有保守的、组织特异性的和动态的特征。此外，mRNA中m5C的形成主要是由RNA甲基转移酶NSUN2催化的，且m5C在体内是由mRNA运输因子ALYREF特异性识别。NSUN2调节ALYREF的核-质穿梭、RNA结合亲和力和相关mRNA的出核。该研究提供了哺乳动物转录组的m5C的全面概况，并表明m5C修饰在mRNAc出核和转录后调控中发挥重要作用。
四、人细胞：重亚硫酸盐处理结合高通量NGS策略，单碱基分辨率检测(h)m5C修饰分布
2021年，发表在RNA Biology（IF: 4.652）上，题为Bisulphite miRNA-seq reveals widespread CpG and non-CpG 5-(hydroxy)methyl-Cytosine in human microRNAs文章，通过重亚硫酸盐处理结合高通量NGS策略，以单核苷酸分辨率系统地分析miRNAs中的(h)m5C，即BS-miRNA-seq，单核苷酸分辨率系统地检测了人类细胞系和人外周血单核细胞(PBMC)中miRNAs上的(h)m5C修饰，并通过开发的专用的分析流程(MAmBA)分析了样本中的(h)m5C甲基化图谱，发现(h)m5C是人miRNAs中广泛存在的修饰，并不局限于CG序列，并且通过m5C和hm5C的抗体免疫沉淀验证了实验结果，也表明了人类miRNA包含hm5C修饰。
参考文献：
①Yang Y, et al.RNA 5-Methylcytosine Facilitates the Maternal-to-Zygotic Transition by Preventing Maternal mRNA Decay. Mol Cell. 2019 Sep 19;75(6):1188-1202.e11.
②Chen X, et al.5-methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs. Nat Cell Biol. 2019 Aug;21(8):978-990.
③Yang X, et al.5-methylcytosine promotes mRNA export - NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader. Cell Res. 2017 May;27(5):606-625.
④Carissimi C, et al.Bisulphite miRNA-seq reveals widespread CpG and non-CpG 5-(hydroxy)methyl-Cytosine in human microRNAs. RNA Biol. 2021 Dec;18(12):2226-2235.
