荧光蛋白具有稳定性强、无物种专一性、易于在细胞内表达等特点，有利于在食品安全监控和环境微生物研究中进行菌株鉴定与追踪，根据荧光强度进行定量分析。因此, 已作为标记物而广泛应用于生命科学领域。目前, 常见的荧光标记有绿色荧光标记（GFP），红色荧光标记（RFP）和mCherry，其成功标记案例在革兰氏阳性菌和阴性菌中均有报道。本文主要介绍GFP、RFP和mCherry三种荧光标记的案例和运用。

绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)作为一种理想的活体荧光标记分子，越来越多地被用于活细胞或微生物的定位、结构和动力学的研究，也可以通过测定GFP的荧光强度对菌株中GFP的表达量进行定量分析^[1]。GFP已经在许多细菌中完成了转化，如：（1）利用GFP追踪了乳酸乳球菌WH-C1在小鼠肠道内的定植情况；（2）利用GFP发现德氏乳杆菌D17嵌入在黏液层中，局部接近肠道的上皮细胞；（3）在植物乳杆菌WCFS1中进行GFP标记，研究WCFS1在肠道内的定植与分布。

红色荧光蛋白 (Red Fluorescent Protein, RFP)相比绿色荧光蛋白 (GFP)其灵敏度更高, 是基于GFP基础上的一种优良稳定的荧光蛋白。目前已在不同的菌株中成功进行RFP标记，如：（1）在根瘤菌中进行RFP荧光标记，可探究根瘤菌结瘤固氮能力及根瘤菌与土著菌竞争关系 ^[2]；（2）构建了以红色荧光蛋白基因 (dsred2) 为标记, 以amy为报告基因的表达载体, 成功实现了融合基因dsred2-amy在干酪乳杆菌中的融合表达；（3）铜绿假单胞菌中转入RFP标记，证实其在含油多孔物质中的迁移扩散及所受限制^[3]；（4）在幽门26695中构建了GFP和RFP荧光标记，用于探究幽门的遗传调控和信号追踪^[4]。

mCherry荧光蛋白也叫樱桃荧光蛋白，是从蘑菇珊瑚（mushroom coral）中分离出来的单体红色荧光蛋白，相较于其它单体荧光蛋白，其颜色和单体分子的光稳定性更强。mCherry荧光标记技术在细胞生物学、分子生物学和神经科学等多个领域都有广泛应用，用于追踪蛋白质、细胞器或其他生物大分子在活细胞中的分布和动态。近年来, mCherry用于荧光标记的研究报道逐渐增多, 相对其他荧光蛋白, 该荧光标记具有标记基因小、背景低等优点, 且与已报道的dsred2红色荧光基因相比, 其荧光强度及稳定性更好。目前已成功在多种菌株中进行标记：如：（1）成功在蒙氏肠球菌ST4SA和植物乳杆菌423中进行mCherry荧光蛋白标记；（2）在植物乳杆菌中进行mCherry荧光蛋白标记，是探究其在生物体内的定位、示踪及益生性作用机制的有效技术手段^[5]。

三种荧光标记各有优点，可以针对不同的菌株和实验目的选择荧光标记。锐志魔方生物在菌株荧光标记实验上具有丰富的实践经验，成功设计并保存多种荧光标记载体，可以极大缩短客户在荧光标记实验上的周期。也可根据客户不同菌株设计相应启动子进行荧光标记实验。目前已成功利用三亲本结合、电转等不同实验方式，在多种菌株中成功构建不同的荧光标记。