每种途径的启动都会产生与目标表面结合的蛋白水解酶复合物（C3 转化酶）。这些酶会裂解 C3 中的一个肽键，释放出无性毒素 C3a 并激活 C3b。在短暂的时间内（约 60 微秒），这种新生的 C3b 能够与目标表面的羟基反应并共价偶联。碳水化合物是首要目标，但蛋白质羟基和氨基也会发生反应。这种用 C3b 标记目标表面的过程被称为 "超声化"（opsonization）。新生 C3b 的反应位点是硫代酯（Tack B.J. 等人（1980 年）；Pangburn M.K. 和 MüllerEberhard H.J. （1980 年）），C3b 通过共价酯键（如果 C3b 与氨基相连，则形成酰胺键）与目标相连。补体激活过程中活化的大部分 C3 从未附着到表面，因为其硫代酯与水反应形成液相 C3b，而液相 C3b 会被因子 H 和 I 迅速灭活，形成 iC3b。