1）试品失帧或消退：如H2O气使氯硅试品水解反应；

2）气相色谱离子交换柱无效：H2O，CO2使碳分子筛柱丧失特异性，H2O气使聚长链脂肪酸固定不动液溶解，O2使PEG断线。

3）有时候一些汽体残渣和固定不动液相互作用力而造成假峰；

4）对气相色谱柱保存特点的危害：如：H2O对聚乙二醇等吸水性固定不动液的保存指数值会有所增加，载气中氧含量过高时，不论是旋光性或者非极性固定不动液柱的保存特点，都是造成转变，使用时间越长危害越大。