气相色谱仪气源净化为了出去各种气体中可能含有的水分，灰分和有机气体成分，在气体进入仪器之前应先经过严格净化处理。若全部使用钢瓶气体，有的气相色谱仪附有净化器，且内已填有5A分子筛，活性炭，硅胶，基本可满足要求。

若气相色谱仪使用一般氢气发生器，则必须加强对水分的净化处理，故应增大干燥管面积（体积在450立方厘米以上为好，填料用5A分子筛为佳），并在气相色谱仪发生器后接容积较大的储器桶，以减少或克服气源压力波动时对气相色谱仪基线的影响。若使用空压机作空气来源，空压机进气口应加强空气过滤，加大净化管体积，在干燥管内应填充一半5A分子筛，一半活性炭。一般国产无油气体压缩机（天津产）可满足需要。