加热磁力搅拌器利用磁场的同性相斥、异性相吸的原理，使用磁场推动放置在容器中带磁性的搅拌子进行圆周运转，从而达到搅拌液体的目的，尤其适用于当反应量比较少或在反应是在密闭条件下进行的情况。加热磁力搅拌器的使用更为方便，可以根据具体的实验要求加热并控制样本温度，维持实验条件所需的温度条件，保证液体混合达到实验需求。但缺点是对于一些粘稠液或是有大量固体参加或生成的反应，加热磁力搅拌器无法顺利使用，这时就应选用机械搅拌器作为搅拌动力。

　　加热磁力搅拌器通常适用于食品、生物制药等领域。随着生物制药对搅拌器轴封的无菌性和风险控制提出了更高要求，工业用下加热磁力搅拌器在20世纪80年代在瑞典应运而生。下加热磁力搅拌器成为市场的主流，并继续朝着简洁、大扭矩、大剪切力或者极低剪切力、轴承材质安全、易于在线清洗、在线灭菌的方向发展。例如生物反应器的下加热磁力搅拌器、高剪切力均质用下加热磁力搅拌器等。是否能够证明搅拌器可以在线清洗和在线灭菌、轴承材质安全等成为生物制药搅拌器选型前的金标准。

　　除此之外，加热磁力搅拌器利用磁性物质同性相斥的特性，通过不断变换基座的两端的极性来推动磁性搅拌棒转动；缺点是能量转化效率低，只适合小体积液体搅拌。尽管加热磁力搅拌器和磁力棒已经得到广泛应用，但目前只局限于研发、小规模的水平，随着国内科研水平大幅度提升，未来加热磁力搅拌器的应用将逐渐扩大，成为行业内的仪器。