在柱子的两端分别放置一片过滤网，或者不锈钢滤片。用来堵塞填料不被流动相流出柱管外而流失，柱管部件都为不锈钢材质，能耐受一定的溶剂作用，但是由于有的溶剂含有一定的腐蚀性，所以使用需要注意，柱子管内不能长时间停留这类的溶剂，避免腐蚀。

若样品是碱性的；可选择高纯硅胶柱（高纯硅胶缺少金属杂质，且硅胶端基封尾）或一些经过修饰的C18柱（如极性嵌入技术或碱去活技术等），他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留。