在线水质分析仪选型时应特别注意数据传输联网问题。目前，各省市不同程度都建有自己的污染源在线监控网络，有的以有线传输为主，有的以无线传输为主。因此，用户在选型时既要优先考虑国家认定的产品，又要充分考虑本地监控网络对入网仪器的技术标准，必要时可向所在地省市监察监测部门进行咨询，了解掌握政策要求和技术标准，以保证所安装的在线监测仪器能顺利接入在线监控网络。
   在此特别要注意避免选型中的几个误区：一是过分追求低价位。许多单位为了节约资金，应对环保检查，总是选取价格较低的仪器。但是价格低廉的仪器往往在稳定性等方面难如人意，对后期的使用维护造成许多麻烦；二是盲目追求进口仪器。认为进口仪器性能优异，而实际上进口仪器不一定适用本单位水质的情况，或没有完整的解决方案，从而造成不必要的浪费；三是盲目选型。一些单位在选型时存在求同心理，没有详细了解仪器的性能及自身的水质情况，造成系统的先天不足。总之，不同厂家的仪器在测试原理、适用领域、测量范围、运行条件及费用、维护的难易程度等方面存在较大差异，各企业外排水质差异也较大，场地环境也不一样。用户一定要结合自身的实际情况综合考虑，选择适合自己水质及排放特点的在线仪器，切不可盲目选型安装。

  为了确保环境管理工作科学公正，有效提高环境监测数据的准确度和可靠性，2001年5月，国家环保总局下发《关于加强自动环境监测仪器管理及认定工作的通知》。《通知》要求，为环境执法管理服务和向社会提供环境监测规范和环境监测仪器技术要求，经检测合格、通过认定并列入合格产品准入名录后，方可使用。自动环境监测仪器包括化学需氧量COD、总有机碳TOC、溶解氧DO、酸度计pH、二氧化硫SO：、氮氧化物NOx等。以水排放口常用的COD水质在线自动监测仪为例，截止2002年1月24日，中国环境保护产业协会公布通过环境保护产品认定的共计13家，　　这些认定的在线监测仪器均通过了国家环境产品技术要求（HBC6-2001），但由于国家对测试方法没有强制性规定，因此在测试原理及方法上存在明显差别，有重铬酸钾法、光谱分析法、电化学法、生物化学法等等。在线监测仪器在测试方法上的不同，导致在适用领域、测量范围等方面也存在较大差别。