规范的清洗程序是系统能够正确运行必要部分，通常产水量小于15%可以通过清洗来恢复。但是如果产水量衰减超过15%或者预处理发生突然事故，普通清洗方法就很难使其恢复，这样的话我们就需要从系统的头尾各取一只元膜件并用各种化学药剂进行清洗实验。如果实验成功，我们将按实验的配方来对整个系统进行清洗。

可是，如果因为膜片损伤或者污染十分严重，清洗是达不到效果的，那样我们只能将膜解剖来判断物理结构的损伤或者污染物的种类。