HtPot40恒温金属浴在食源沙门菌DNA环介导恒温核酸扩增法检测
时间:2010-01-20 阅读:4395
关键词】 食源沙门菌DNA环 恒温核酸扩增法检测
沙门菌是食源性致病菌中一个主要的属,在各类细菌性食物中毒事件中,沙门菌造成的食物中毒位居前列〔1,2〕。常规的沙门菌检测方法费时费力,已经不能满足食品生产质量控制的要求〔3〕。因此,需要开发一种灵敏度高并且反应迅速的方法。Notomi等开发出一种新的恒温核酸扩增法—环介导恒温核酸扩增法(loop-mediated isothermal amplification of DNA,LAMP)〔4,5〕。本研究利用DNA环介导恒温核酸扩增法对市售不同生肉来源的沙门菌进行快速检测,并且着重在灵敏度和特异性方面对此方法进行验证,以建立的LAMP反应条件能够对今后病原微生物的检测研究工作提供参考依据。
1 材料与方法
1.1 菌株 猪霍乱沙门菌猪霍乱亚种ATCC13312(S.ATCC13312)(广东省微生物研究所);其余5株沙门菌HB009,HB371,HB069,HB215,HB143分别分离自市售的生猪肉、海产品、生牛肉、生羊肉和鸡肉。其他属菌株共14株保藏于本实验室,作为沙门菌环介导恒温核酸扩增反应特异性试验中的对照菌株。所有菌株均保存在质脂双层(LB)培养基中。
1.2 仪器及试剂 HtPot40恒温金属浴(合肥艾本森科学仪器有限公司);PCR扩增仪ABI2700(美国ABI公司);凝胶成像系统(BIO-RAD Gel Doc EQ凝胶成像系统)。Bst大片段DNA聚合酶(爱尔兰Biolabs公司);甜菜碱(分析纯,美国Sigma公司);琼脂糖以及引物合成(大连TaKaRa生物公司)。
1.3 方法
1.3.1 LAMP反应引物设计 以沙门菌的属特异性基因invA〔6,7〕为靶基因,选择位于8 091~331之间的DNA序列作为LAMP扩增区域。将待扩增的DNA分为6个独立的区域,根据这6个区域分别设计LAMP反应所需2对引物(内引物FIP和BIP、外引物F3和B3)。FIP由F2和F1C两部分组成,BIP由B2和B1C两部分组成,其2个部分都能分别识别靶DNA正义链和反义链独立区域。外引物F3和B3分别识别靶DNA上F2和B2的外侧的独立区域,F3序列是5′-gcaacagctacgtgatga-3′;B3序列是5′-ctctattgccggcatcatta-3′。2对引物识别靶DNA上6个独立区域。FIP由22个碱基F1C和20个碱基F2,以及中间连接的TTTT组成,序列是5′-cttagatccccgcattgttggttttccgccacatattatcgcgat-3′;BIP由21个碱基B1C和20个碱基B2,以及中间连接的TTTT组成,序列是5′-gaccatcatgaatggtcagcattttattggcggtatttcggtcta-3′(引物由大连宝生物公司合成)。
1.3.2 LAMP反应 (1)DNA模板制备:DNA提取参照文献〔8〕。(2)LAMP反应体系:25μl反应混合物包括各1.6 μmol/L的FIP和BIP,各0.2 mol/L的F3和B3,1×恒温缓冲液,1 mol/L的甜菜碱,6 mmol/L的MgSO4,1.6 mmol/L的dNTP,8 U/μl的大片断DNA聚合酶,1 μlDNA。(3)反应过程:除了大片断DNA聚合酶,将其余的试剂混合物于95℃反应5 min,使DNA变性。然后迅速于冰上冷却,并加入Bst聚合酶,将反应物混匀,置于65℃恒温金属浴中反应60 min,zui后在80℃条件下反应5 min结束反应。(4)LAMP产物检测:肉眼观察反应物的外观变化并在2%琼脂糖凝胶上100 V电泳分离25 min,加样量7 μl/上样孔。凝胶置于EB中染色10 min,水洗10 min,在BIO-RAD Gel Doc EQ凝胶成像系统下照像检测。