如何利用激光显微切割来改善生物标记物工作流程
时间：2022-06-17 阅读：889
癌症研究：快速可再现的生物标记物探索
| 生物标记物可用作特定疾病如癌症的指征标记。这样一来，肿瘤微环境就容易引起人们的警觉。但在肿瘤区域和非肿瘤区域以及肿瘤本身之间存在着明显的分子差异。这些情况只能通过分离这些区域的特定的、微小的部分来破译。 |  |
所以，徕卡LMD系统允许直接将样本收集到下游的分析容器如PCT微管当中用于快速组织均质化、蛋白质提取和酶解。
压力循环技术（PCT, PressureBioSciences Inc.）利用高压为大规模分析加快样本制备。PCT可在1小时内完成对LMD样本的处理，更大的活检组织块则可在3小时内完成处理。
此联用技术可以高精度、快速地分离肿瘤微环境。来自不同组织区域的下游分子分析将带来重大意义，因为下游分子可以进行单独分析，而不用再作为混合物加以分析。
激光显微切割利用激光在细胞层面切割显微镜下的样品。切割后，徕卡LMD系统利用重力将解剖物收集到试样下方的容器内。
单细胞精度下的生物标记物探索工作流程
徕卡激光显微切割系统能够精准切割您感兴趣的单个细胞，改进您的工作流程。所以工作都在可视化控制之下，不会污染到周围组织。
1. 样本制备
 | 激光显微切割通常会用到专门的薄膜切片。LMD的样本制备较为直观，可以从组织学的经典制备方法中获得。 下游蛋白质组学方面，我们推荐使用PET薄膜切片（几乎不存在软化剂）或DIRECTOR™切片以满足*无薄膜消融。 石蜡包埋使组织样品形成组织，可以切成薄片。或者可以利用冷冻切片来制备样本切片。 我们将提供最合适您应用的LMD切片。 |
2. 固定和染色
 | LMD应用中可根据感兴趣的结构来对组织进行固定和染色。此处包括了明场和荧光染色。 该步骤可通过染色设备实现自动化处理。 绝大多数染色剂一般都与下游蛋白组学相容。尽管如此，我们依然有必要做提前的调查。 |
3. 可视化和ROI
 | 徕卡LMD系统可自动化生成样品的全玻片图像概览，轻松导航至您的感兴趣区域（ROI）。 ADM软件模块能够识别出您的感兴趣区域并自动标记形状，或者您可以手动勾勒出形状。
|
小鼠大脑，甲酚紫。运行ADM软件模块前后，自动识别和检测神经元。
4. 激光显微解剖
 | 接下来在目测控制下通过激光切出特定的ROI并直接通过重力作用进行收集。 点击鼠标即可分离出癌症材料或任何其他ROI并进行必要的汇集，然后按需要收集到1个或多个不同的反应容器内。 您可以使用标准耗材如PCR试管，或者利用特定的LMD收集装置将样本直接收集到下游分析容器内如PCT μTubes试管（Pressure BioSciences Inc.），详见下一步操作。 |
5. 蛋白质制备
 | 小样本的均质化、提取和酶解消化可利用如Pressure BioSciences Inc.的压力循环技术（PCT）来完成。遵循LMD-PCT工作流程可快速、可再现地制备生物肽且整个过程不超过1小时（Lee S et al., Cell Reports 2020，doi.org/10.1016/j.celrep.2020.03.066），能够节省出数小时时间而且小组织样本的制备*不用“动手"。 有关该工作流程的更多信息敬请访问： bit.ly/2AXxWdn |
6. 分析
通过质谱法分析样本并识别出生物标记物。
典型研究领域
-
生物标记物探索
-
癌症研究
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个体化医疗
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转译研究
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蛋白质组学
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代谢组学
参考文献
1. Lee S et al., Cell Reports 2020,
doi.org/10.1016/j.celrep.2020.03.066
2. Hunt AL et al., Cancer Res 2019;79 doi.org/10.1158/1538-7445.AM2019-4709
3. Guo T et al., Nat Med. 2015; 21:407-13
4. Shao S et al., Proteomics 2015; 15: 1-11
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