荧光显微镜与普通光学显微镜不同，它不是通过普通光源的照明观察标本，而是利用定波长的光(通常是紫外光、蓝紫光)激发显微镜下标本内的荧光物质，使之发射荧光，所以，荧光显微镜的光源所起的作用不是直接照明，而是作为种激发标本的内荧光物质的能源。我们之所以能观察标本，不是由于光源的照明，而是标本内荧光物质吸收激发的光能后所呈现的荧光现象。由此可知，荧光显微镜的特点，主要是它的光源能供给大量特定波长范围的激发光，使受检标本内的荧光物质能获得必要强度的激发光。同时，荧光显微镜必须具备相应的滤光镜系统。荧光显微镜是**荧光组织化学的基本工具。它是由超压光源、滤片系统(包括激发和压制滤板)、光学系统和摄影系统等主要部件组成，是利用定波长的光激发标本发射荧光。 
1.激发荧光的方式：按光的波长范围分为UV激发法(使用紫外线照明法)和BV激发法(使用蓝紫光)两种。UV激发法是用短于400nm的近紫外光进行激发。该法不存在可见的激发光，所以被观察的荧光呈现该染料固有的荧光，容易判别标本上的特异荧光和背景组织的自身荧光。 
2.BV激发法：是以404nm、434nm为中心的由紫外至蓝光进行激发。该方法使用蓝光照射标本，所以荧光观察系统的截止滤光片必须使用可*阻断蓝光并可充分通过所需绿、黄荧光的滤光片。用于荧光抗体法的荧光色素。对于激发光的大吸收波长和荧光的大发光波长比较接近，所以BV激发法使用的滤光片必须使用锐截止式滤光片。该法可用蓝光作为激发光，所以荧光色素的吸收效率较，可得到较明亮的图像。其缺点是500nm以下的荧光无法看到，而500nm以上的使整个图像显黄色。在荧光抗体法中，大多以荧光色素*的颜色来判断其特异性，所以在讨论微妙的特异性时，上述BV激发法的缺点往往影响大。