数据库容量大于2900种(taxa)，包含四大类数据库，其中Gen III好氧细菌数据库1568种（革兰氏阴性好氧菌800种，革兰氏阳性好氧菌768种），其它可选数据库有：厌氧菌361种，酵母菌267种，丝状真菌710种。几乎涵盖了所有常见的人类、动物、植物病原菌以及食品、药品和环境微生物。

丝状真菌数据库（FF），可自动鉴定包括临床、工业、农业及环境中常见青霉（153种）、曲霉（89种）、刺盘孢霉（18种）、镰刀霉（79种）、木霉及其它种等708种丝状真菌。为与传统的真菌形态学鉴定相结合，BIOLOG提供近1000多张精美的宏观和显微图片供用户参考比对，以获得更为精确的结果。

在食品、化妆品和制药工业领域提供大量的常见致病菌数据库，包括沙门氏菌（15种）、李斯特菌（7种）、大肠杆菌（8种，含阪崎肠杆菌和E.coli O157:H7）、葡萄球菌（43种好氧，2种厌氧）、弯曲菌、假单孢菌（52种）、弧菌（23种）、梭菌（60种）、志贺氏菌（4种）、耶尔森氏菌（11种）、链球菌（61种，含猪链球菌）、金黄杆菌属（32种）等，用于食品、药品及化妆品行业致病微生物鉴定仪、工业应用微生物研究、质量控制及产品研发等。

在植物病原菌鉴定方面，可鉴定常见的植物病原菌达到258种，如假单孢菌 （130种），伯克霍尔德菌（13种）、黄单孢菌 属（81种）、果胶杆菌属（14种）、食酸菌属 （7种）、短小杆菌（5种）、根瘤菌属（4 种）、欧文氏解淀粉菌等，数百种植物致病细菌及数百种的植物病原真菌。

可鉴定23种分枝杆菌(Mycobacterium)。

可鉴定放线杆菌共22种，其中革兰氏阳性好氧放线菌8种，厌氧放线菌14种。