柱平衡的影响：亲水亲脂平衡柱的柱平衡对分离效果具有重要影响。在平衡之前，要确保所使用的流动相与柱子的保存溶剂（如乙腈/水）互溶。新柱在使用前应先以一定倍数的柱体积的甲醇或纯乙腈作为流动相进行冲洗。如果流动相中含有缓冲盐或离子对试剂，还应注意在乙腈冲洗后用高比例水进行“过渡”，以防止盐析出。

流动相的选择：由于亲水亲脂平衡柱的特殊性质，流动相的选择对于分离效果至关重要。需要选择能够同时满足亲水性和亲脂性物质分离的流动相。

操作压力：在使用固相萃取柱时，提供的真空压力不应过大，以避免对柱子造成损害。同时，系统的负压力也应控制在一定范围内。

安装与检查：固相萃取柱与接头应安装配合好，确保系统能够达到设定的压力。在使用过程中，如果发现系统压力异常，应检查各接头是否拧紧，气压盖密封垫是否平整。

玻璃器件的放置：在操作过程中，玻璃器件应放置平稳，避免因为操作不当导致柱子破损或液体溅出。