有三组光源，白光光源一组，紫外光源两组分别是365nm和254nm。

　　首先是白光光源，通常作为系统照明光源使用，即放置或调整DNA胶或蛋白胶位置，或在对镜头调整聚焦时使用，当然在对非透明材质的蛋白胶或其他成像物质进行成像时也需开启反射白光。

　　二个是：254nm这是一个比较常用的检测波长，大多数含有苯环的有机化合物在此有吸收，不过这样它的特征性就不强了！而且会引来很多干扰，所以还是建议对不同物质选择不同的检测波长，一是提高灵敏度和选择性，二是减少不必要的干扰。无色的成分在245-365nm的紫外灯下检视可以看到在这个范围内存在光吸收的成分所发出的荧光。

　　三个：365nm光源主要适用于制备观察以及切割条带，减少对DNA的破坏，并减小对人的伤害。

　　紫外反射灯源，使用并不广泛，只是在非透明材质的DNA跑胶载体如纸层析等的成像才需要使用。往往比较常用的还是透明的琼脂糖凝胶与聚丙烯酰胺凝胶，透射光源*可以满足。

　　还有一个不常用的302nm波长，主要用于DNA胶拍摄，由于DNA常用的荧光染料是EB（即Ethidiumbromide，溴化乙锭），而用标准302nm紫外光透射仪激发并放射出橙红色信号，可用拍摄到。