未回收或回收率低

胶块未全部溶解

溶解凝胶时应该置于65℃水浴，不断上下颠倒，确定胶块*溶解后再进行下一步操作。如果凝胶浓度较大，可增加溶胶液使用量。

胶块太大（>400mg）

如果需要处理的胶块太大，应该先将其切成小块，做两次回收或选用大量型回收试剂盒。

电泳缓冲液pH过高

硅胶膜在高盐低pH值时可结合DNA，在低盐高pH值条件下洗脱。如果电泳缓冲液pH值太高，会导致DNA无法结合或降低结合率，可在溶胶后加入3M NaAc （pH5.2），将pH值调至7.0以下。

漂洗液中未加入无水乙醇

*次使用之前应该在漂洗液中加入无水乙醇。漂洗液每次用后应该拧紧瓶盖，以免乙醇挥发，降低回收率。

洗脱液不合适

DNA只在低盐溶液中才能被洗脱，如TE和水；洗脱液pH值过低会降低洗脱效率，应确保洗脱液pH值在7.0-8.5之间，当用水洗脱时确保其pH值在此范围内；洗脱时可将洗脱缓冲液在65-70℃水浴预热，加入洗脱液后在室温静置2-5分钟，可提高洗脱效率。

洗脱液加入位置不正确

洗脱液应加在硅胶膜中心部位，确保洗脱液能*覆盖硅胶膜的表面以达到大洗脱效率。

洗脱体积太小

洗脱液体积若小于30μl，则不易*浸透硅胶膜，使洗脱效率降低；洗脱液体积若超过200μl，则所得的DNA浓度会降低，但DNA总量不会减少。为了得到较高的洗脱效率可以适当增大洗脱液体积。

洗脱时间过短

洗脱时间对回收率也会有—定影响，洗脱时放置2分钟可达到较好的效果。

回收后的片断无法用于后续试验，如连接等

乙醇残留

洗脱时硅胶膜上有漂洗缓冲液残留，会使洗脱产物中含乙醇，影响下游操作，在洗脱之前可通过再次离心或置于50℃烤箱中5-10分钟，*去除漂洗缓冲液中的乙醇。

洗出液中污染有琼脂糖

凝胶未全部溶解

洗脱产物有ssDNA，表现为在琼脂糖电泳上呈现小的弥散带。

将洗脱产物95℃加热2分钟，慢慢冷却到室温，使单链DNA重新退火复性即可。