含有害离子肥料：氯化铵、氯化钾化肥，含有大量有害的氯离子，施入土壤后产生水溶性化合物，会烧种烧苗；硝酸铵、硝酸钾等肥料，含有硝酸根离子，对种子发芽有严重影响，故不宜用作种肥。

含有毒害作用的肥料：尿素中含有2%左右的缩二尿，对种子和幼苗会产生毒害作用。而且含氮量高的尿素分子也会渗入种子蛋白质分子结构中使蛋白质变性，对种子和幼根产生毒害。

含有挥发腐蚀性的肥料：碳铵、氨水等，有强烈的挥发性，易熏伤种子和幼苗。普钙含有5%以上的游离态硫酸和磷酸，对种子发芽和幼苗生长会产生危害，一般不宜作种肥。