PCR试验交流
时间:2011-06-16 阅读:5337
你会读marker吗?
zui近在做PCR试验,发现要了解的东西太多了,很多非常基础的常识性的知识都很容易出问题,zui近就出现电泳图中的Marker问题,一起做试验的前辈教我从zui后一条开始数,zui后一条为11,代表72bp,前面再类推。按此方法比较一直以为自己没跑出所需条带,降低条件反复跑。
然后坐下来总结经验,终于我认识到可能是Marker的阅读问题,并且在试验中我试着用不同的电泳时间看结果,发现有时候条带总共是10条,有时候是9条。我意识到按照zui后一条条带来定位是不准确的。并上网查看Marker说明,发现不同的Marker说明表格显示有的总共11条,有的总共13条。但是在对照图片上可以发现zui后的11号或13号甚至12号条带往往光有数据而不显示条带,这说明zui后1条条带甚至倒数第二条条带是很难显示的。有时它们在同一个条带上标记两个数据,这是因为如果电泳时间或胶的浓度影响,有时无法分辨为两条。因此,我可以确信,用Marker比较一定要从起始端开始数,而不能根据zui末一个条带来定位。拿到足够的证据,同已经做了1年多试验,就要发表文章的前辈讨论,但他仍然坚持自己的看法,说是老师教他的。终于我将这个情况跟技术员及老板讨论,zui终获得认同。这样看来,这个问题也不简单。
另外补充几条:
1、是应该从大条带端开始数,原因有二:
小条带跑得快,时间长了可能会跑出胶,所以电泳时要注意好时间;
在电泳过程中EB是向阴运动,所以跑到凝胶下缘的条带染色很弱甚至不染色,也会看不到!必要时建议灌制长胶。
2、marker中的小条带分子量较小,跑的时间长了容易弥散而导致看不清楚
3、同意上面的说法,zui近也在跑电泳,我每次也是从zui下面数的,上面的条带有时候颜色很浅看不出来!
4、另外还有一些商用Marker,有一个条带亮度超过其他条带(比如为其他的两倍),比较容易分辨,也可以帮助定位!