尼康生物显微镜具有光学性能，合理人机学设计的正置显微镜。E100采用了尼康*的CFI无限远光学系统，并对色差和场曲进行校正，工作距离更长，数值孔径更高。新的BE平场消色差系列物镜专为E100设计，确保在各个放大倍数下得到清晰明亮的图像。

    尼康生物显微镜配置了的尼康CFI60光学系统而设计的Eclipse 80I提供的高信噪比影像，得到的荧光影像能显示出zui的信息。尼康生物显微镜拥有现代化一系列功能的设计，采用尼康*的“复眼照明”技术，VC平场复消色差物镜及应用于数字成像显微镜系统的智能电动数字成像头。尼康生物显微镜定位的载物台手柄，新机制的载物台手柄在载物台X/Y大范围移动时都保持在一个固定的靠近调焦旋钮的位置。操作者的手可以舒服地停留在桌面的同一位置。同时载物台的高度和松紧度都是可调的。尼康生物显微镜采用了新的人机工程学目镜筒可在 10° - 30°自由倾斜，且镜筒的伸缩幅度可达40mm。不论使用者的体形如何或显微镜安装了中间模块，都可以保证操作者*的观察方位和舒适的观察姿势。 同时C接口数码相机可以通过一个0.7×的DSC接口安装在人机工程学物镜筒上。

    尼康生物显微镜配置了眼点提升器可将观察点位置每次提高25mm(zui大100mm)，可旋转的载物台使图像可存储于各种角度及改善构图。旋转与光轴方向敏感的样本，如DIC，可以更好的改进图像对比度和细节，在后端口配置有一个0.8×-2.0×光学变倍机构可使图像缩放到所需要的倍数。与数码变倍不同，光学变倍能让相机的解析度和光学分辨率相匹配，轻松得到清晰流畅的图像。尼康生物显微镜同时配置了两个输出端口可同时安装多种成像设备。前端口使用的镜头zui少，用在共聚焦和定量测量上。尼康生物显微镜采用了尼康显微镜CFI60无限远光学物镜齐焦距离为60mm，使得工作距离更长，NA值高，同时能产生清晰明亮的高对比度的图像，同时配置了一个可容纳各种中间模块的灵活的升级空间。

    尼康生物显微镜坚硬牢固的结构更好的保证高地对焦，更好的应用了电脑辅助设计，显著的增强了载物台Z向运动及支持臂部分的稳定性。极大地增强了其稳定性，使得在高放大倍数观察下不想要的图像模糊和漂移减到zui少，提供*的影像效果。尼康生物显微镜荧光成像中的信噪比和对比度，采用了尼康*的高信噪比荧光系统由数字成像头和通用的落射荧光照明组成。同时配置了杂光消除器可以消除滤光块内杂散光，信噪比提升了五倍，增加荧光显微术图像对比度，更进一步地扩展探测水平的限度。尼康生物显微镜更好的使得在普通观察或多重荧光样本成像时，操作者能更方便地在不改变滤光块得情况下，进一步加强特定波长激发光。通过在光路中调节激发平衡片的滑动距离，更好的使得观察各个通道的荧光强度得到平衡。