快速蛋白液相色谱(FPLC)、中压液相色谱(MPLC)、低压液相色谱(LPLC)是近年来从HPLC基础上发展的新型色谱技术，其中FPLC能以极快的速度把复杂混合物分离，可在短时间内大量纯化样品，具有柱容量大、回收效率高及生物大分子不易失活等特性，在生命科学研究及药物生产上使用越来越广泛。

(1)FPLC与HPLC相同的是：都采用输液泵、高灵敏检测器、梯度洗脱装置、自动收集装置和计算机控制等设备，均具有快速、分辨率高、分离效能高等特点。

(2)FPLC与HPLC不同的是：HPLC的管道系统多采用金属材料，流动相由往复泵或隔膜泵驱动，使用高压，色谱柱内径小，分析精度高，大流速通常不超过20 mL/min(有些制备级HPLC可达300 mL/min)，有时需使用一定浓度的有机溶剂，适用于微量样本检测或少量纯化制备；FPLC的管道系统是由耐高压的塑料管组成，流动相多由柱塞式泵驱动，中低压，所用色谱柱内径大，流速范围0～100 mL/min(大流速可达1 000 mL/min)，分析精度没有HPLC高，只使用常规无机盐溶液，适于大规模纯化样品。

(3)应用范围：HPLC可分析低沸点低相对分子质量分子、高沸点中分子、高分子有机化合物(包括极性、非极性)、离子型无机化合物、热不稳定生物分子；FPLC专门用于蛋白质、多肽及多核苷酸的分离纯化。

    高压制备系统（HPLC）可以涵盖FPLC的功能，但是在高盐的实验环境下，泵的选择就需要非常谨慎，隔膜泵会是一个不错的选择。常规来说流速超过3升以上的部分，PTFE、PFA、玻璃等材质就不适合了，还是会需要选择不锈钢等材质。对于FPLC在系统配置上的选型和生物液相又有所区别，很多PH、电导等检测器就无需再配置，而且FPLC所涉及的填料内径较大，柱管的大小选择，流动相的流速选择对于整体方案的影响也会比较大。