在2022年3月举行的美国人类蛋白质组组织(US HUPO)年会上，来自位于马萨诸塞州弗雷明翰的SCIEX科学家们提供了原始数据证明，该公司由生命科学*头Danaher所有，该公司的Echo MS系统可以每秒检测多达三个样本，应用于肽段定量工作流程分析肽段，该工作流程利用稳定同位素标记并通过抗肽抗体（SISCAPA）捕获肽段。

SCIEX液相和集成解决方案高级总监Gavin Fischer表示，该公司现在开始使用基于上述系统，开发肽段定量应用。他补充道，虽然其最初的目标是生物制药工作流程中的肽段定量，但也可以扩展到蛋白生物标记物研究。Fischer说，公司研究人员在方法开发过程中，使用了一组来源于SARS-CoV-2核衣壳蛋白的20个肽段。

Echo MS系统是SCIEX和Labcyte合作开发的，该系统使用声波激发液体处理将样品快速喷射到质谱仪中。SCIEX于2020年推出该系统，并已将其主要用于小分子分析方法。在美国HUPO上的详细工作展示，旨在表明该系统也可用于分析肽段和蛋白质等大分子。

Echo MS系统可能会引起蛋白生物标记物研究人员的兴趣，因为它将允许进行超高通量实验。例如，Fischer指出，在探索使用该设备进行肽段测定的第一个项目中，SCIEX团队在含有约100个肽段的β-半乳糖苷酶蛋白质的消化物中定量了一对β-半乳糖苷酶肽段。通过Echo MS系统，能够在5小时内对10260个样本中的2种肽段进行定量。如果使用传统的液相色谱质谱仪进行同样的实验，需要运行大约7分钟的液相色谱梯度，那么几乎需要50天的全天候质谱检测工作。“我们正在研究高通量肽段定量，”Fischer说，并指出研究人员将系统设置为每1.5秒分析一个样本。“我们在整个样品板上获得了很好的重现性，很好的变异系数。”

SCIEX团队遵循最初的Echo MS系统工作流程，使用SISCAPA工作流程进行实验，该工作流程使用前期抗体富集目标肽段来测定20个SARS-CoV-2肽段。SCIEX首席应用科学家兼该项目负责人Christie Hunter在一封电子邮件中表示，SISCAPA是一种很有前途的利用Echo MS系统进行蛋白定量的技术，因为前期抗体富集足以简化样品，使其在无需液相分离的情况下即可进行分析。

她指出：“这里的关键是找到正确的前期样品制备方法，简化蛋白组学样品，从而使液体流动注射方法可行。” “目标肽段的抗体富集非常引人注目方法，是与Echo MS系统配对的合适样品制备工作流程，高度自动化，执行速度快，制备出高度富集的样品，并且可以根据目标蛋白的灵敏度进行调整。” 她补充说，这样的工作流程“可以针对那些有大量蛋白质组样本需要分析并想要定量一小部分蛋白质的实验室。”

Fischer说，研究人员研究了20种肽段的定量限(LOQ)，发现该系统采用比较灵敏的肽段分析方法平均LOQ为1 fmol/µL，可将其目标分析物定量至0.4 fmol/µL至3.7 fmol/µL。“[美国HUPO]的演示，非常有力地证明了我们的仪器可以做非小分子的工作，”他补充说，公司现在计划“在Echo MS系统上测试更大的分子和不同质量的分子，并在更多的工作流程扩展到更多的市场时，向客户演示该系统实用性。”

当被问及该系统是否可以用于血浆中肽段的靶向定量等应用时，Fischer表示，公司尚未通过实验证明这一点，但“有理论证据相信这个应用可以实现。”他指出，SCIEX已证明该系统能够定量血浆中的小分子。

他说：“我们正致力于将[这项技术]应用到更多不同的基质中，并探索更大尺寸的包膜蛋白分析，从肽段到完整蛋白。” “我们将继续打破所有这些研究方向的边界。”公司将寻求将该技术应用于其他市场，包括潜在的蛋白质生物标志物研究。

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