PCR反应的特点是具有较大扩增能力与*的灵敏性，但令人头痛的问题是易污染，极其微量的污染即可造成假阳性的产生。

一、标本交叉污染源：

收集标本的容器：标本放置时，由于密封不严溢于容器外，或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染；

吸样枪：标本核酸模板在提取过程中，由于污染导致标本间污染；

气溶胶：zui可能造成PCR产物污染的形式。在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，在操作时比较剧烈地摇动反应管，开盖时、吸样时及污染进样枪的反复吸样都可形成气溶胶而污染。据计算一个气溶胶颗粒可含48000拷贝，因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题。

二、PCR试剂污染源：

由于在PCR试剂配制过程中，由加样枪、容器、双蒸水及其它溶液等污染而导致的PCR试剂污染。

三、PCR扩增产物污染源：

PCR反应中zui主要zui常见的污染源。由于PCR产物拷贝量大，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可造成假阳性。

四、克隆质粒污染源：

克隆质粒在单位容积内含量相当高，活细胞内的质粒，由于活细胞的生长繁殖的简便性及具有很强的生命力。故在分子生物学实验室及某些用克隆质粒做阳性对照的检验室污克隆质粒污染能性也很大。