第一、流式细胞术可以用来检测细胞表面以及胞内的各种标志，对细胞进行分群鉴定以及各种蛋白表达量高低的比较。比如CD3是T细胞的标志、CD19是B细胞的标志、EpCAM是上皮细胞的标志等。不仅仅是免疫细胞，其他的如肿瘤细胞、成纤维细胞、干细胞等都可以用流式细胞术进行检测。实体组织只要经过处理后制成单细胞悬液也能用流式细胞术进行分析和分选。
 

    第二、通过标记Ki67、BCL-2、caspases等增殖及凋亡相关基因，流式细胞术可用来检测细胞的增殖以及凋亡。此外还有CFSE、以及PI-annexin V等染料，可用来进行增殖和凋亡分析，在药物对肿瘤影响的研究过程中应用广泛。
 

    第三、流式细胞术可用来分析细胞周期。细胞核DNA含量随着细胞增殖周期时相的不同而发生变化，用DNA染料进行染色，DNA含量多，荧光信号强，DNA含量少，荧光强度低。通过对细胞瞬间的快速测定，判断细胞所处的细胞周期时相，并分析群体细胞中处于不同周期时相的细胞比例，以研究细胞的周期，DNA复制和染色体倍性等。在肿瘤学研究中尤其常用，可以此来判断药物对肿瘤细胞影响、肿瘤的生长速度与患者预后等。
 

    第四、流式细胞术可用于疾病诊断中病原微生物的检测，以及环境中饮用水、湖泊、河流、原油中的微生物和海洋微生物检测等。
 

    第五、流式细胞术还可用于农林畜牧养殖业，如依据DNA含量，用于玉米、向日葵、葡萄等的倍性鉴定，分选X、Y精子以控制家畜性别。
 

    除了以上常用的几个方面，还有很多其他的用法。实验猿们继续探索吧