20世纪以来，随着工业的飞速发展、人口的快速增长、环境污染的日益严重以及人类环保意识的逐步增强，微生物的环保功能随着工业的发展越来越重要。科学技术与人类对微生物认识的加深微生物已广泛应用于污染综合治理和环境监测。

　　

　　微生物环境监测是对代表环境质量的各种指标数据进行测量的过程，它包括环境分析、物理测量和生物监测。所谓生物监测，就是利用生物体对环境污染的各种信息作为判断环境污染的一种手段。自然界中生物的长期生存，既能反映多因素污染的综合影响，又能反映环境污染的历史条件。因此，生物监测可以弥补理化分析检测的不足。特别是微生物具有*的特性，与环境密切相关。因此，微生物方法在生物监测中发挥着特殊的作用。

　　

　　所有微生物环境监测工作均应在专属区域进行，以减少交叉污染、假阳性结果和假阴性结果的风险。无菌试验应在B级背景下的A单向流洁净区或隔离系统中进行，微生物限度试验应在不低于D级背景下的B级单向流空气区进行。A和B级区域的空气供应应通过末端高效空气过滤器（HEPA）。

　　

　　微生物环境监测应当制定清洁、消毒、卫生的标准操作规程，其中应当涉及环境监测结果。实验室使用前后应进行消毒，并定期监测消毒效果。应有足够的洗手和手部消毒设施。应当有有害微生物污染的处理程序。使用的消毒剂种类应符合洁净实验室的相关要求，并定期更换。理想的消毒剂不仅能杀灭多种微生物，对人体无毒性，不会腐蚀或污染设备，而且具有去污功能，性能稳定，起效快，残留少，价格合理。对所用消毒剂、清洁剂的微生物污染情况进行监测，并在规定的有效期内使用。洁净区应使用无菌或无菌的消毒剂和清洁剂。