微生物环境监测是测定代表环境质量的各种指标数据的过程，包括环境分析、物理测定和生物监测。其中生物监测是利用各种生物信息作为判断环境污染状况的一种手段。生物生活在环境中，不仅可以反映多种因子污染的综合效应，而且还能反映环境污染的历史状况。因此，生物监测可以弥补物理、化学测试的不足。
 

　　

　　开展微生物环境监测时，我们可以通过监测水体中特定微生物的数量和种类的变化，反映水质变化趋势。但是环境中微生物的数量和种类太庞大，工作量巨大，因此无法对水体中各种可能存在的有害致病微生物一一进行检测。通常还可以选择适当的指示菌作为监测的主要对象，来预报水质的污染趋势，以保证水质的卫生安全。虽然微生物作为环境污染的指示物在应用上不及动植物广泛，但是微生物的某些特性使微生物在环境监测中具有特殊的作用。

　　

　　微生物环境监测应当制定清洁、消毒、卫生的标准操作规程，其中应当涉及环境监测结果。实验室使用前后应进行消毒，并定期监测消毒效果。应有足够的洗手和手部消毒设施。应当有有害微生物污染的处理程序。使用的消毒剂种类应符合洁净实验室的相关要求，并定期更换。理想的消毒剂不仅能杀灭多种微生物，对人体无毒性，不会腐蚀或污染设备，而且具有去污功能，性能稳定，起效快，残留少，价格合理。对所用消毒剂、清洁剂的微生物污染情况进行监测，并在规定的有效期内使用，洁净区应使用无菌或无菌的消毒剂和清洁剂。