实验室用水在质谱分析中扮演着重要角色。下面以除草剂西玛津分析为例 ，可以看到空白溶液用水中TOC含量较高时，背景噪声较高，影响西玛津的定性和定量检测。

将上述空白溶液用水替换为Milli-Q^®超纯水（低TOC含量），并对奶粉样品中的双酚-A进行分析，可以看到背景噪音明显下降，能够清楚看到目标检测物的特征峰，峰形较好且呈现正态分布。管中窥豹，水质对于质谱分析的重要意义可见一斑。

除此之外，水中的离子也会影响质谱分析。比如钠离子，钾离子可能会与有机物形成加和物；水中离子污染还可能在ICP-MS中形成多原离子干扰；同时其他污染物比如颗粒，细菌会给质谱等高精密分析设备带来机械性损伤，导致仪器维护成本增高，增加用户不必要的支出。