冰冻样品的升化效率取决于几个因素。其中zui重要的冷冻产品与收集器之间的气压差。zui有效的冷冻干燥发生在样品在它所能承受的zui高温度，同时仍能保持冰冻壮态，与此同时收集器温度和系统真空度保持在所能达到的zui低值。干燥时间的变化依赖于被冷冻干燥的材料的低共熔温度。

   预冻，为接下来的升化过程准备样品，初级干燥，在此过程中冰升化而不融化。次级干燥，在此过程中，键和于固体物质的残留水分被除去，从而留下干燥样品，这一步骤对保存样品的稳定性非常重要。在壳式预冻中，冻干瓶中样品浸放在低温热传导液体里旋转，液体样品沿冻干瓶圆周内壁结冻，以达到更大的表面积。
  
  初级和次级干燥发生在样品瓶被连接到冻干系统时，样品立刻暴露在一个真空条件下，从而克服气流阻力。同时热量被得供做能量。为接在干燥箱或多起 歧管的冻干瓶得其它玻璃容器提供热量的热源是室温空气浴。在自动压盖上箱，是加热层供给。

   这层薄的结冻层能让水份子更加容易地穿过。一旦样品结冰，就可以与冷冻干燥系统连接了。真空和热量这些条件可帮助从冰中升化出的水蒸汽更容易地流离样品和表层已冻干的物质。