通常情况下，对于常用的反相色谱柱出现了严重的柱效降低、分离度差时，可以试试按照以下流程来对色谱柱进行冲洗、再生：
1、20倍柱体积水：乙腈= 95%：5% （用于移除系统中缓冲盐，可根据常用缓冲盐浓度调整比例）
2、20倍柱体积 乙腈
3、5倍柱体积 异丙醇
4、20倍柱体积 正己烷
5、20倍柱体积 乙腈
6、20倍柱体积 水：乙腈=95%：5% （可与步骤1保持相同的比例）
7、用所需的流动相比例重新平衡色谱柱
关于色谱柱的冲洗再生，基本上都是个性化的，也有很多相关文章，每支色谱柱的实际情况都会有所不同，适的再生条件需要经过实际摸索和调整。
在色谱柱冲洗时，很多实验室习惯用冲洗时间来评价是不是达到我们想要的效果。例如某位师傅告诉你把这个柱子冲半个小时就可以了。严格来讲色谱柱的冲洗应该使用冲洗的溶剂体积来评价冲洗效果，柱体积的计算公式如下：


例如一根4.6mm内径，150mm柱长的色谱柱柱体积为：


如果要用20倍柱体积的乙腈冲洗色谱柱就需要约34mL的乙腈，假设柱流量是1mL/min，那就要用乙腈冲洗34分钟，当柱流量是1.5 mL/min时就需要用乙腈冲洗约23分钟。