自来水检测分析管理制度需完善，在分工明确的基础上，需制定清晰可控的自来水处理和检测流程，严格遵照流程进行水质处理，重视水质检测的重要性。样品的分析测试是整个监测过程的重要步骤，在样品具有代表性的前提下，分析测试的就决定了整个监测过程的，必须严格把关，保证监测数据的准确可靠。
先，检测员需实地取样，不同水环境下水质状况存在差异，而这些差异不是肉眼所能察觉，需要配合仪器设备的数据分析方可得出。这一过程中，取出的水需存放在干净无污染的器皿中。 
其次，回到微生物检测室内，检测员将取样的自来水，小心翼翼地滴在培养皿中。这里正在进行基础的检测菌落总数指标的检测。从取样、到菌类培养、后得出检测结果，仅这几项检测就要花48个小时。在这常规水检的过程中能用到的仪器有酸度计、硬度计、浊度仪、可见光分光光度计、显微镜、超净工作台、恒温培养箱、烘箱、冰箱等。
从主要检测项目来讲可分为两大类：一类是反映水质状况的综合指标，如温度、色度、浊度、pH值、电导率、悬浮物、溶解氧、化学需氧量和生物需氧量等；另一类是一些有物质，如酚、氰、砷、铅、铬、镉、汞和有机农药等。为客观的评价江河和海洋水质的状况，除上述监测项目外，有时需进行流速和流量的测定。 
另外，自采样到检测完成之后需等待十个工作日之后出具检测报告。 
后，若是要完成全部检测指标，少需要两周时间。即便如此，要在水样有效期内完成检测，也要举全站之力加班加点才能完成。除了时间的增加，新标准也相应增加了检测成本。