1、洁净厂房设计时应注意的问题： 
（1）平面图上要划分洁净区和辅助区，人员进入洁净区必需先通过辅助缓冲区。 辅助缓冲区包括更衣室，缓冲间，人流方向应由低洁净级别区到高洁净级别区。
（2）为了节约能源，洁净区在满足生产的情况下空间不宜过大，高度应尽量降低。 
（3）不同洁净级别的洁净室之间结合部应设防尘设施，如气闸、传递窗等。 
（4）洁净区和非洁净区的间隔窗户为双层密闭窗，门应严密。  
2、要使新建的厂房符合 GMP要求，厂房建设过程中的质量控制甚为重要： 
（1）墙面要求平整光滑，不留尘土易于清洗，所以墙面一般用高品质的防水涂料进行涂刷。洁净级别高的厂房墙面可贴彩钢板材料，内墙面之间和天花板的交界处应做成圆角。
（2）隔断材料，一般采用铝合金材料和聚苯乙烯彩钢板材料。特别是有洁净级别的厂房均采用彩钢板材料。这种材料的优点是重量轻，光亮平整，易清洗，施工简便，易于生产工艺变更时工房改造。 
（3）对地面材料要求强度高，应耐磨损，光滑平整，易清洗，一般是现制水磨石地面，对于洁净级别要求高的厂房地面一般采用环氧树脂地面。地面排水：普通厂房采用普通地漏，有洁净级别的厂房应采用洁净地漏，洁净级别高的厂房地面不设地漏。 
（4）窗户一般采用钢窗和铝合金窗户，窗户和墙面交接处应做成斜角，洁净级别高的窗子应做成固定窗，窗玻璃和墙面应做成同一平面，防止窗沿积尘，且易于清洗。