空气洁净度100级、10000级及100000级的空气净化处理，应采用初效、中效、过滤器三级过滤。对于300000级空气净化处理，可采用亚过滤器代替过滤器。
空气过滤器的选用、布置方式应符合下列要求：
1、中效空气过滤器宜集中设置在净化空气调节的正压段；
2、或亚空气过滤器宜设置在净化空气调节系统的末端；中效、空气过滤器宜按小于或等于额定风量选用。
对面积较大、空气洁净度较高、位置集中及消声、振动控制要求严格的洁净室（区）宜采用集中式净化空调系统。反之，可采用分散式净化空调系统。
下列情况的空气净化系统宜分开设置：
1、单向流洁净室与非单向流洁净室（区）；
2、空气净化系统与中效空气净化系统；
3、运行班次或使用时间不同的洁净室（区）。
下列生产的空气净化系统应独立设置，其排风口与其他药品空气净化系统的进风口之间应相隔一定的距离。
1、青霉素等强致敏性药品；
2、β-内酰胺结构类药品；
3、激素类药品；
4、抗肿瘤类药品；
5、微生物及芽胞菌制品；
6、放射性药品；
7、有菌（毒）操作区。
下列情况的空气净化系统的空气，如经处理仍不能避免交叉污染时，则不应循环使用：
1、固体物料的粉碎、称量、配料、混合、制料、压片、包衣、灌装等工序；
2、固体口服液制剂的颗料、成品干燥设备所使用的净化空气；
3、用有机溶媒精制的原料药精制、干燥工序；
4、病原体操作区；
5、放射性药品生产区；
6、工艺过程中产生大量有害物质、挥发性气体的生产工序。