聚丙烯酰胺凝胶电泳是以聚丙烯酰胺凝胶作为支持介质的电泳方法。在这种支持介质上可根据被分离物质分子大小和分子电荷多少来分离。
聚丙烯酰胺凝胶有以下优点：
①聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺和N，N"甲叉双丙烯酰胺聚合而成的大分子。凝胶有 格子是带有酰胺侧链的碳-碳聚合物，没有或很少带有离子的侧基，因而电渗作用比较小，不易和样品相互作用。
②由于聚丙烯酰胺凝胶是一种人工合成的物质，在聚合前可调节单体的浓度比，形成 不同程度交链结构，其空隙度可在一个较广的范围内变化，可以根据要分离物质分子 的大小，选择合适的凝胶成分，使之既有适宜的空隙度，又有比较好的机械性质。一 般说来，含丙烯酰胺7-7.5%的凝胶，机械性能适用于分离分子量范围不1万至100万物 质，1万以下的蛋白质则采用含丙烯酰胺15-30%的凝胶，而分子量特别大的可采用含 丙烯酰胺4%的凝胶，大孔胶易碎，小孔胶则难从管中取出，因此当丙烯酰胺的浓度增 加时可以减少双含丙烯酰胺，以改进凝胶的机械性能。 
③在一定浓度范围聚丙烯酰胺对热稳定。凝胶无色透明，易观察，可用检测仪直接测定。
④丙烯酰胺是比较纯的化合物，可以精制，减少污染。合成聚丙烯酰胺凝胶的原料是丙烯酰胺和甲撑双丙烯酰胺。丙烯酰胺称单体，甲撑双 丙烯酰胺称交联剂，在水溶液中，单体和交联剂通过自由基引发的聚合反应形成凝 胶。
在聚丙烯酰胺凝胶形成的反应过程中，需要有催化剂参加，催化剂包括引发剂和 另速剂两部分。引发剂在凝胶形成中提供始自由基，通过自由基的传递，使丙烯酰胺 成为自由基，发动聚合反应，加速剂则可加快引发剂放自由基的速度。常用的引发剂 和加速剂的配伍如下表：
聚合反应催化剂配伍
引 发 剂
加 速 剂
（NH4)2S2O8
TEMED
(NH4)2S2O8
DMAPN
核 黄 素
TEMED
注：(NH4)2S2O8，过硫酸胺 TEMED：N，N，N，N";四甲基乙二胺 DMAPN：β－二甲基胺基丙晴
用过硫酸铵引发的反应称化学聚合反应；用核黄素引发，需要强光照射反应液， 称光聚合反应。 聚丙烯酰胺聚合反应可受下列因素影响： 
1、大气中氧能淬灭自由基，使聚合反应终止，所以在聚合过程中要使反应液与空气 隔绝。 
2、某些材料如有机玻璃，能抑制聚合反应。 
3、某些化学药物可以减慢反应速度，如赤血盐。 
4、温度高聚合快，温度低聚合慢。