应用笔记

Omni土壤DNA试剂盒优于公司M土壤DNA分离试剂盒，用于从土壤样品中提取DNA

Omni有限公司Shari Garrett

介绍

土壤DNA的分子分析是检测土壤微生物和微生物多样性的直接解决方案。从土壤中分离DNA通常是具有挑战性的，因为许多污染物（如腐殖酸）的存在可能会干扰萃取过程，并且对多种下游应用具有抑制作用。理想的DNA提取方法应该有效地消除抑制物质并zui大化DNA产量。本研究的主要目的是在DNA产量和质量方面比较Omni International的土壤DNA试剂盒（26-013G / B）与公司M的土壤DNA分离试剂盒的性能，以及放大潜力和检测灵敏度使用实时PCR。

材料和方法

设备

•珠子Ruptor Elite（Cat＃19-040E）

•Bead Ruptor 2 ml管支架套件（Cat＃19-010-310）

•土壤DNA试剂盒（Cat＃26-103G）

珠子Ruptor精英

＃19-040E

使用Omni土壤DNA试剂盒和DNA分离试剂盒（公司M）从200mg掺有10μLZymoBIOMICS TM微生物群落标准（Zymo Research）的室外土壤中分离总DNA。 ZymoBIOMICS™微生物群落标准包含10个微生物菌株 - 3个容易裂解的革兰氏阴性细菌，5个易裂解革兰氏阳性细菌和2个难溶性酵母菌，并作为基因的性能比较两个套件使用Omni Bead Ruptor Elite将土壤样品均质化，并按照制造商对每个试剂盒的推荐方案一式三份进行分离。协议时间分别为M公司和Omni International提取的约60分钟和70分钟，易用性相当。

纯化的DNA在每个试剂盒的洗脱缓冲液100μL中洗脱，并使用Promega QuantiFluor dsDNA系统进行定量。通过使用纯化DNA的10X，100X和1000X稀释的16S细菌特异性引物进行实时PCR来分析来自两个试剂盒的纯化DNA的质量。使用利斯特氏菌特异性引物或酵母属特异性引物，在10X和100X稀释度下进一步测试2种耐力裂解单核细胞增生利斯特氏菌（Gram阳性细菌）和酿酒酵母（酵母）的相对丰度。简而言之，使用安捷伦的Brilliant III 2XSYBR®作为主混合物将qPCR反应设置为总体积为20μL，并在合适的稀释液下按照ABI 7900上的标准方案，用合适的引物扩增2μL模板DNA。

产量（μg）

10

8

6

4

2

0

土壤DNA试剂盒（Cat＃26-103G）

图1.两者的平均DNA产量

该套件使用Omni Bead Ruptor Elite as

Omni公司M均化器。 （* p <0.05）

28

27

26

25

Ct 24

平均23

22

21

20

19

18

10X 100X 10X 100X

单核细胞增多性李斯特氏菌酿酒酵母（Saccharomyces cerevisae）

Omni 公司M

图2.通过用李斯特菌和酵母特异性引物扩增来自Omega Bio-tek和Company M试剂盒的纯化DNA得到的平均Ct值。

使用Omni试剂盒和公司M试剂盒，掺入ZymoBIOMICS™的土壤样品的DNA产量如图1所示。与公司M相比，Omi International试剂盒的性能显着好于洗脱时产率提高40％在100μL终体积（8.1μgvs. 5.7μg）（p <0.05; Tukey的事后分析）。基于从qPCR反应产生的Ct值来确定从每次提取获得的DNA的质量。表1显示了使用16S细菌特异性引物的纯化DNA的连续稀释获得的平均Ct值。 Cts似乎略低于（?0.5），提取。

表1.使用Omni International和Company M试剂盒和16S细菌特异性引物，纯化DNA的10X，100X，1000X稀释度的平均Ct值。

Ct

10X 100X 1000X

Omni International 14.93 17.42 21.46

公司M 15.34 18.22 21.97

图2显示了使用10X和100X稀释纯化DNA作为模板的利斯特氏菌和酵母特异性引物获得的平均Ct值。生物体（利斯特氏菌（Listeria monocytogenes）和酿酒酵母（Saccharomyces cerevisae））都是难以理解的，结果表明，Omni International试剂盒的Ct显着低于M公司（p <0.05; Tukey的事后分析）。对于革兰氏阳性菌，李斯特菌，Ct降低1个循环，酵母菌株Saccharomyces降低近3个周期;也就是说，与M公司相比，使用Omni International试剂盒的利斯特氏菌和酵母菌的产量是两倍和八倍。连续稀释度之间的ΔCt对于两种试剂盒（对于利斯特氏菌为?3.1，对于酵母菌为?3.4）是相当的。该数据表明，Omni International的试剂盒以及公司M试剂盒在隔离中消除PCR抑制剂但具有优异的产量。在qPCR上获得的Ct值证实了所获得的产量，Omni International Soil DNA Kit在两个方面均表现优异。
结论

Omni试剂盒分离DNA，产量明显高于对试样土壤样品的公司M试剂盒，能够更好地分离韧性裂解生物体。 Omni试剂盒有效地去除了PCR抑制剂，其例子是全分离的DNA比其较低Ct值表示的公司M分离的DNA更早地扩增。较低的Ct值也可能表明使用Omni International试剂盒获得的洗脱DNA的质量较高。总体而言，结果表明，Omni土壤DNA试剂盒分离出高产量，高质量的DNA，与各种下游应用（如qPCR，下一代测序）兼容。